Mainitaan Taivassalon emäseurakunnan kappelina jo 1554. Iniö mainitaan paikkakuntana jo 1520-luvulla. Seurakunta sai oman papin 1689. Anomukseen kappeliseurakunnan erottamiseksi itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja omaksi pitäjäkseen antoi kuningas kieltävän vastauksen 12.5.1803. Vuonna 1800 rakennettu kivinen kirkko tuhoutui tulipalossa 1879 ja uusi kirkko rakennettiin kivestä kolehtivaroilla 1880. Erotettiin Taivassalosta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 29.1.1908. Iniön kunta perustettiin 1869 ja liitettiin Länsi-Turunmaan kuntaan 2009.
Kylät
Åselholm, Jumo, Keistiö, Kolkko, Norrby, Söderby
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaiset
1689–1714 Johannes Ukonius
1715–1722 Henrik Malm
1723–1729 Nikolaus Thomae Berger
1739–1788 Petrus Nycander
1790–1808 Jakob Andreas Gylling
1808–1834 Anders Lundell
1836–1865 Abraham Engblom
1867–1870 Erik Vilhelm Henrik Linderoos
1900–1906 Erik August Göransson
1907–1908 Emil Edvard Elenius, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1780–1784 Adolf Reinhold Svebilius, kappalaisen apulainen
1785–1787 Johan Sommarfelt
1815–1817 Karl Adolf Velling, kappalaisen apulainen
1823 Anders Dahl, kappalaisen sijainen
1840–1843 Henrik Ahlgren, kappalaisen sijainen
1866 Emil Leonard Lydén, vt. kappalainen
1866–1867 Erik Vilhelm Henrik Linderoos, vt. kappalainen
1871–1874 Fredrik Gideon Nilsdorff, vt. kappalainen
1874–1875 Anton Lukas Vilén, vt. kappalainen
1875–1877 Gustaf Edvard Sundvall, vt. kappalainen
1877–1882 Frans Bernhard Ingberg, vt. kappalainen
1882–1883 Karl Johan Blomroos, vt. kappalainen
1883–1885 Johan August Arne, vt. kappalainen
1885–1887 Nikolai Blom, vt. kappalainen
1887–1893 Gustaf Emil Lindberg, vt. kappalainen
1893–1898 Karl Julius Jonatan Helander, vt. kappalainen
1898–1900 Johan Albert Lundelin, vt. kappalainen
1905–1907 Emil Albert Rudelius, vt. kappalainen
1908– Eino Eberhard Kiviluoto, vt. kappalainen
Arkisto
Iniön seurakunnan rippikirjat, tilikirjat ja historiankirjat alkavat vuodesta 1667. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1641–1947.
Seurakunnan kirkon palossa 26.3.1880 tuhoutui yksi rippikirja.
Kansallisarkisto on digitoinut Iniön seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.