Alkuaan Oriveden emäseurakunnan saarnahuonekunta ainakin jo 1767, jolloin Juupan asukkaat oikeutettiin rakentamaan tilava tuparakennus Salokuntaan entisen ränsistyneen saarnahuoneen tilalle. Hakemukseen kappeliseurakunnan perustamisesta antoi tuomiokapituli kieltävän päätöksen 7.10.1801, jonka kuningas vahvisti 6.7.1802, ja tämän jälkeen emäseurakunnan papisto piti saarnavuoroja saarnahuoneessa 12 kertaa vuodessa. Uusi kirkkorakennus rakennettiin Pärrinkankaalle 1838. Emäseurakunnan kirkkoherran apulainen määrättiin asetettavaksi asumaan Juupan saarnahuoneen läheisyyteen keisarillisen senaatin päätöksellä 11.10.1860 ja erinäisten etuuksien suorittamisesta apulaiselle 13 19/36 manttaalilta tiloja tehtiin suostumus kirkonkokouksessa 15.4.1890. Erotettiin Orivedestä itsenäiseksi Juupajoen kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 15.11.1904 ja ensimmäinen kirkkoherra astui virkaansa 1914. Juupajoen kunta perustetiin 1913.
Muut nimet
Juupa
Kylät
Aakkola, Haavisto, Hirvijärvi, Hoivala, Höytee (Höydes), Hulipas, Kihlala, Kokkila, Kopsamo, Lylyjärvi, Melli, Pärrinautio (Pärri), Porvola (Borgerla), Pylkinautio (Pylkki), Sahrajärvi, Sukkila, Voitila
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1914–1925 Eemil Jalmari Vaaramo
1926–1944 Heikki Haapanen
Ylimääräiset papit
1896–1897 Juho Aleksi Peltonen, kirkkoherran apulainen
1897–1909 Heikki Vuori, kirkkoherran apulainen
1909–1914 Emil Jalmari Vaaramo, Oriveden kirkkoherran apulainen
1925–1926 Viljo Rautonen
Arkisto
Juupajoen seurakunnan rippi- ja historiakirjat alkavat vuodesta 1916.
Seurakunnan pappila paloi 14.8.1924, jolloin kirkonarkistosta tuhoutuivat sisään- ja ulosmuuttaneiden kirjat, yksi kastekirja sekä kirkonkokouksen, -neuvoston ja -valtuuston pöytäkirjat vuosilta 1916–1924.
Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut Juupajoen seurakunnan kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.