Viipurin kaupungin saksalaiset saivat kuninkaalta 19.7.1636 ja 29.3.1651 luvan muodostaa oman seurakunnan. Seurakuntaa ei kuitenkaan tuolloin perustettu, vaan kaupungissa saksankielisiä jumalanpalveluksia suoritti joku Viipurin luterilaisista papeista tai papiksi vihitty kymnaasin lehtori. Ensimmäinen saksalainen pastori eli kirkkoherra asetettiin Keisarillisen oikeuskollegion päätöksellä 27.5.1743.
Seurakunnan pääkirkko, Pietari-Paavalin kirkko, otettiin käyttöön toukokuussa 1805. Seurakunnalla oli oikeus kutsua kirkkoherransa Keisarillisen senaatin päätöksellä 15.2.1846. Keisarin käskykirjeen 8.5.1840 mukaan seurakunnalla oli myös oikeus tiedustella pappia Pietarin luterilaiselta konsistorilta, ellei omassa hiippakunnassa ollut saksankielisiä hakijoita avoimeen virkaan. Vuodesta 1906 alkaen seurakunnasta käytettiin myös nimeä Viipurin ruotsalais-saksalainen seurakunta. Siirrettiin Savonlinnan hiippakunnasta kuulumaan Viipurin ruotsalaisen seurakunnan kanssa Turun arkkihiippakuntaan uudessa hiippakuntajaossa 14.7.1923.
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherran palkasta tehtiin suostumus 14.5.1839 ja se vahvistettiin 8.5.1840. Uusi suostumus vahvistettiin 4.9.1860. Kirkkoherran palkka korotettiin 4 120 markaksi kirkonkokouksen päätöksellä 25.6.1870 ja 6 000 markaksi 1.2.1875. Kirkkoherra sai valtiolta 400 ruplaa keisarin käskykirjeillä 26.8.1814 ja 24.1.1824. Vuonna 1842 summa alennettiin 322 ruplaksi 85 1/3 kopeekaksi. Kolme seurakunnan jäsentä, Hackman, Weyrauch ja Wahl, lahjoittivat kirkkoherran virkatalon lahjakirjalla 30.3.1872.
Arkisto
Viipurin kaupungin seurakuntien asiakirjat ovat säilyneet vain osittain. Viipurin saksalaisen seurakunnan kirkonkirjat tuhoutuivat sotien aikana lukuun ottamatta rippikirjaa vuosilta 1866–1911. Seurakuntaa varten koottiin kirkonkirja seurakuntalaisten itsensä antamien tietojen pohjalta 1941. Viipurin muista seurakunnista poiketen, Viipurin saksalaisen seurakunnan arkistoa ei säilytetä Kansallisarkistossa, vaan arkisto on Suomen saksalaisen seurakunnan hallussa.
Viipurin saksalaisen ja ruotsalaisen seurakunnan yhteisen Pyhän Paavalin kirkon säilyneitä tiliasiakirjoja säilytetään Kansallisarkisto Jyväskylässä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1846–1874.