Viipurin kaupungin saksalaiset saivat luvan muodostaa oman seurakunnan kuninkaalta 19.7.1636 ja 29.3.1651. Seurakuntaa ei kuitenkaan tuolloin perustettu, vaan kaupungissa saksankielisiä jumalanpalveluksia suoritti joku Viipurin luterilaisista papeista tai papiksi vihitty kymnaasin lehtori, kunnes ensimmäinen saksalainen pastori eli kirkkoherra asetettiin keisarillisen oikeuskollegion päätöksellä 27.5.1743. Seurakunnan pääkirkko, Pietari-Paavalin kirkko, otettiin käyttöön toukokuussa 1805. Seurakunnalla oli oikeus kutsua kirkkoherransa keisarillisen senaatin päätöksellä 15.2.1846 sekä oikeus keisarin käskykirjeen 8.5.1840 mukaan tiedustella pappia Pietarin luterilaiselta konsistorilta, ellei omassa hiippakunnassa ollut saksankielisiä hakijoita avoimeen virkaan. Seurakunnasta käytettiin myös nimeä Viipurin ruotsalais-saksalainen seurakunta vuodesta 1906. Siirrettiin Savonlinnan hiippakunnasta kuulumaan Viipurin ruotsalaisen seurakunnan kanssa Turun arkkihiippakuntaan uudessa hiippakuntajaossa 14.7.1923.
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherran palkasta tehtiin suostumus 14.5.1839 ja se vahvistettiin 8.5.1840. Uusi suostumus vahvistettiin 4.9.1860. Kirkkoherran palkka korotettiin 4 120 markaksi kirkonkokouksen päätöksellä 25.6.1870 ja 6 000 markaksi 1.2.1875. Kirkkoherra sai valtiolta 400 ruplaa keisarin käskykirjeillä 26.8.1814 ja 24.1.1824, mikä summa alennettiin 322 ruplaksi 85 1/3 kopeekaksi 1842. Kirkkoherran virkatalon lahjoitti kolme seurakunnan jäsentä, Hackman, Weyrauch ja Wahl, lahjakirjalla 30.3.1872.
Arkisto
Viipurin kaupungin seurakuntien asiakirjat ovat säilyneet vain osittain. Viipurin saksalaisen seurakunnan kirkonkirjat tuhoutuivat sotien aikana lukuun ottamatta rippikirjaa vuosilta 1866–1911. Seurakuntaa varten koottiin kirkonkirja seurakuntalaisten itsensä antamien tietojen pohjalta 1941. Viipurin muista seurakunnista poiketen, Viipurin saksalaisen seurakunnan arkistoa ei ole säilytetä Kansallisarkistossa, vaan arkisto on Suomen saksalaisen seurakunnan hallussa.
Viipurin saksalaisen seurakunnan säilynyttä arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Jyväskylässä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1846–1874. Arkisto sisältää Viipurin saksalaisen ja ruotsalaisen seurakunnan yhteisen Pyhän Paavalin kirkon tiliasiakirjoja mainituilta vuosilta.