Viipurin linna rakennettiin kolmannen ristiretken yhteydessä 1293 ja todennäköisesti pian rakentamisen jälkeen linnan ympärille muodostui seurakunta. Viipurissa toimi jakamaton maa- ja kaupunkiseurakunta, kunnes keisarillisella käskykirjeellä 2.5.1889 seurakunta määrättiin jaettavaksi kolmeksi itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi. Viipurin kaupungin suomalainen, ruotsalainen sekä Viipurin maaseurakunta aloittivat toimintansa 1906. Viipurin suomalaisen seurakunnan erottamisesta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi annettiin keisarillinen käskykirje jo 15.3.1881, jolloin se määrättiin kirkkoherran ja hänen palkkaamansa vakinaisen apulaisen hoidettavaksi.
Viipurin jakamattomaan seurakuntaan kuuluneista Siikaniemi perustettiin 1570 ja lakkautettiin venäläisten poltettua Siikaniemen isonvihan aikana 1710. Koivisto perustettiin kappeliksi 1540-luvulla ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1575. Kakin eli Johanneksen kappeli, johon kuuluivat myös Lavansaari, Suursaari ja Tytärsaari, erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1817. Tällöin Suursaari ja Tytärsaari tulivat kuulumaan Kymin emäseurakuntaan. Nuijamaa erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1903 mutta se aloitti toimintansa vasta samaan aikaan Viipurin kolmen jaetun seurakunnan kanssa 1906. Kaupungissa toimineilla Pantsarlahden työ- ja ojennuslaitoksella sekä Viipurin lääninvankilalla oli omat saarnaajansa.
Viipurin kaupungin suomalaisen seurakunnan nimi muutettiin Viipurin tuomiokirkkoseurakunnaksi 1931, vaikka seurakunnan pääkirkosta oli tullut tuomiokirkko jo 1925. Seurakunta käsitti varsinaisen Viipurin kaupungin alueen eli kokonaisuudessaan kaupunginosista Vanhankaupungin eli linnoituksen, Pyhän Annan eli Siikaniemen, Neitsytniemen, Repolan, Pantsarlahden, Aninan eli Kalevan, Papulan, Havin ja Salakkalahden sekä osan Hiekan kaupunginosaa. Seurakuntaan liitettiin kuuluviksi Viipurin maaseurakunnasta esikaupunkialueet 1924–1933, jolloin aluksi liitettiin kaakkoisia alueita ja Karjalan kaupunginosassa asunut suomenkielinen väestö.
Viipurin tuomiokirkkoseurakunnan viimeinen jumalanpalvelus Viipurissa pidettiin 11.6.1944, jonka jälkeen seurakunnan kirkkoherranvirasto siirtyi Helsinkiin. Viipurin kaupunki luovutettiin kokonaisuudessaan Neuvostoliitolle 19.9.1944 solmitun välirauhansopimuksen mukaan ja kaupungin toiminta lakkasi vuoden 1948 kuluessa Suomen eduskunnan säätämän lain mukaisesti (Suomen asetuskokoelma 486/1948). Viipurin tuomiokirkkoseurakunta lakkautettiin ja kaikkien luovutettujen alueiden seurakuntien toiminta päättyi 31.12.1949. Tämän jälkeen näiden siirtoseurakuntien luterilaiset jäsenet kirjattiin asuinpaikkakuntansa seurakunnan kirkonkirjoihin. Vuoden 1945 maanhankintalain mukaisen sijoitussuunnitelman mukaan Viipurin kaupungin asukkaat sijoitettiin Helsingin maalaiskuntaan, joka myöhemmin muodostettiin Vantaan kaupungiksi.
Muut nimet
Viborgs domkyrkoförsamling, Viipurin kaupungin suomalainen seurakunta, Viborgs stads finska församling
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherran palkka oli alkuaan 7 000 markkaa, minkä lisäksi kirkkoherra sai virkatalon ja kansliahuoneen vuokraamiseen 2 000 markkaa ja vakinaisen apulaisen palkaksi 20 markkaa. Lisäksi kirkkoherra kantoi määrätyt kansliatulot, avioliittokuulutuksista joka parilta 3 markkaa, hautaamisesta veisuulla 1 markan 50 penniä ja lapselta 75 penniä, muusta hautaamisesta vähintään 1 markkaa sekä muista kirkollisista toimituksista voimassa olleiden asetusten mukaan. Kirkollisista maksuista jokainen ripillä käynyt henkilö suoritti 3 markkaa ja loput oli taksoitettava veroäyrin mukaan.
Kirkkoherrat
1360–1366 Torstanus
1446 Thomas
–1511 Erik
1536–1555 Petrus Soroi
1543–1548 Theobaldus Sigfridi
1559–1570 Enelwaldus Sigfridi
1571–1581 Laurentius Petri Gunnerus
1582–1586 Martinus Severini Winter
1586–1607 Johannes Olai
1607– Laurentius
Tuomiorovastit
1616–1630 Nicolaus Magni Carelius
1631–1656 Mathias Jacobi Tolja
1656–1657 Michael Johannis Wattrangius
1657–1666 Claudius Hansson Thesleff
1667–1679 Henrik Carstenius
1679–1683 Arvid Henriksson Forstadius
1683–1710 Petrus Carstenius
1710–1716 Magnus Magnii Alopaeus
1716–1753 Kristian Melartopaeus
1755–1790 Magnus Magnusson Alopaeus
1792–1800 Johan Petri Stråhlman
Kirkkoherrat
1803–1829 Jakob Schroeder
1832–1838 Karl Gustaf Ottelin
1840–1859 Johan Gabriel Norring, ensin vt. kirkoherra
1863–1904 Gustaf Bernhard Mortimer Forsten
1907–1939 Karl Ruben Jauhianen, Viipurin kaupungin suomalaisen seurakunnan kirkkoherra
Tuomiokirkon kappalaiset eli arkkidiakonit
1566 Magnus
1584 Nicolaus
1593 Tuomas Johannis
1609 Georgius Matthias
1614–1622 Martinus Thomæ
1624–1635 Bartholdus Jonæ Ulvichius
1638 Simon Martini
1640–1658 Ericus Georgii
1659–1681 Eric Cupraeus
1682–1689 Petrus L. Härkäpää
1690–1692 Johannes Falck
1693–1697 Kristian Wijnblad
1699–1702 Erik Åhman
1702–1708 August Hoppenstång
1708–1710 Samuel Ristelius
1718–1724 Samuel Alopaeus
1724–1750 Samuel Krogius
1751–1755 Magnus Aloapeus
1755–1756 Johan Allenius
1758–1773 Fredrik Beriche
1776–1812 Anders Corsberg
1817–1834 Adolf Penzelius
1834–1838 Gustaf Wilhelm Wirenius
1838–1875 Bror Sven Hougberg
1876–1884 Bror Karl Masalin, virka lakkautettiin
Luostarikirkon eli 1. kappalaiset
1585– Ericus Olai
1593–1609 Martinus Svenonis
1614–1618 Johannes Matthiae
1621–1626 Bartholdus Tuomae
1634–1635 Johan Michaelis
1635–1639 Petrus Aschanaeus
1641–1647 Sigfrid Matthiae
1649–1658 Matthias Nicolai Ignatius
1659 Mathias Canuti
1659–1660 Laurentius Fridlander
1660–1674 Gabriel Sigfridii Hermigier
1674–1682 Petrus L. Härkäpää
1682–1684 Petrus Ristelius
1688–1690 Johan Falck
1690–1694 Johan Rohianus
1694–1702 Jöran Nigraeus
1700–1705 Thomas Punderus
1705–1716 Sigfrid Sigfridi Brotherus
1725–1746 Johan Schvindt
1746–1751 Magnus Alopaeus
1751–1755 Johan Allenius
1756–1759 Karl Stolpe
1762–1776 Anders Corsberg
1776–1794 David Starck
1794–1817 Adolf Penzelius
1818–1822 Johan Wilhelm Stråhlman
1824–1834 Gustaf Wilhelm Wirenius
1836–1838 Bror Sven Hougberg
1838–1860 August Wilhelm Relander
1877–1885 Edward Wilhelm Lybeck, virka lakkautettu.
Kappalaiset
1690–1694 Jöran Nigraeus
1694–1697 Herman Hermigier
1697–1700 Iivar Argillander
1700 Tuomas Punderus
1700–1705 Sigfrid Sigfridi Brotherus
1878–1905 Karl Gustaf Siren
1916–1936 Kustaa Aapo Santavuori, Viipurin kaupungin suomalaisen seurakunnan kappalainen
Tuomiokirkon taloudenhoitajat
1585–1586 Ericus Olai
1593 Johannes Erici
1611 Andreas Henrici
1617–1622 Laurentius Jonæ Ulvichius
1623–1626 Henrik Hansson Wentzelius
1631–1641 Petrus Jonæ Girs
1642–1646 Matthias Nicolai Ignatius
1648–1653 Johannes Brobeck
1654–1659 Ericus Erici Cupræus
1659–1685 Johan Huss
1702–1704 Johan Huss
1704–1706 Anders Ahlgren
1707–1710 Erik C. Holmenius
Apupapit ja armovuoden saarnaajat
1723–1725 J. Sevonius
1730–1732 J. Deutsch
1731 J. Langius
1734–1737 J. J. Dannenberg
1737–1738 J. Forstein
1741–1742 G. Kalm
1742–1745 J. J. Europaeus
1744–1747 H. Sartelius
1746–1749 I. Hougberg
1747 J. Lindsteen
1747–1748 A. Malmstedt
1749–1753 G. Åberg
1748–1751 J. Allenius
1751–1753 J. Steenhardt
1753–1756 B. Stolpe
1753–1762 A. Corsberg
1754–1760 E. Klööff
1756–1758 F. Beriche
1760–1776 C. Starck
1763–1769 A. G. Wirzenius
1766–1774 I. Silfström
1767–1789 A. Forssman
1774–1785 J. Ågren
1774–1779 F. G. Palmaeus
1777–1778 D. Indrenius
1778–1785 J. Bergstein
1780–1781 K. A. Europaeus
1780–1782 J. Åkerstedt
1781–1784 P. A. Europaeus
1784 J. H. Wargelin
1784–1788 B. Engberg
1784–1788 C. G. Schwindt
1785–1786 J. J. Slottman
1787–1794 A. Penzelius
1788–1792 H. Kyrenius
1789–1790 A. G. Castegren
1792–1795 J. J. Corsberg
1794–1798 J. Groundstroem
1795–1796 J . Corpeus
1796–1799 J. H. Wirenius
1794–1798 J. C. Völker
1797–1803 J. Schroeder
1799 J. J. Forsmann
1800–1802 G. A. Mansner
1802–1803 J. Schroeder
1804–1806 D. Saelan
1804–1805 G. G. Åkerblom
1806 J. R. Granbaum
Ylimääräiset papit
1802–1815 Abraham Dahl
1806–1818 Johan Wilhelm Stråhlman
1819–1820 Karl Wilhelm Siren
1821–1822 Erik Niklander
1822–1824 Gustaf Adolf Brunou
1822–1824 Isak Ahlholm
1824–1835 Abraham Poppius
1829–1836 Bror Sven Hougberg
1831–1832 Karl Johan Vinter
1832–1838 August Wilhem Relander
1835–1836 Gabriel Österberg
1837–1839 Uno Cygnaeus
1838–1840 Axel Emanuel Berner
1838–1840 Erik Kristian Relander
1838–1841 Anders Huchtman
1841–1853 Karl Gustaf Winter
1841–1843 Gustaf Adolf Cajander
1843–1844 Gustaf Leonard af Enehjelm
1844 Klas Weisell
1844–1845 Karl Reinhold Cedervaller
1845–1848 Aron Lundström
1848–1849 Filemon Dahl
1849–1850 Karl Edward Aspelund
1850–1851 Bernhard Kristfrid Sarlin
1851 Odert Teodor Illbeg
1851–1852 Herman Wilhelm Roschier
1852–1854 Ismael Ruuth
1853–1856 Otto Wilhelm Segersvärd
1854–1856 Karl Johan Gyllenbögel
1856–1857 Karl August Vinter
1856–1858 Alexander Bernhard Stråhlman
1857–1864 Teodor Titus Timoteus Tornell
1860–1865 Adolf Relander
1864–1865 Karl Adolf Edvard Vinter
1865–1868 Herman Ekman
1865–1877 Johannes Vitikka
1865–1866 Bror Karl Masalin
1868–1876 Bror Karl Masalin
1868 Gustaf Viktor Eklund
1871 Johan Henrik Martin
1873–1883 August Henrik Salminen
1883–1907 Sune Fredrik Gräsbeck
1884–1900 Gustaf Edvin Fabritius
1886–1887 Adolf Hakkarainen
1887–1889 Adolf Hakkarainen
1887–1900 Emerik Tirkkonen
1890–1891 Johan Koskinen
1891 Adiel Bergroth
1893 Onni Herman Ronimus
1895–1896 Karl Mikael Mellberg
1897–1898 Karl Mikael Mellberg
1900–1901 Niilo Vitikainen
1900–1906 Kaarlo Aukusti Olander
1901–1903 Antti William Kuusisto
1903–1906 Kaarlo Väinö Johannes Pfaler
Arkisto
Viipurin kaupungin jakamattoman seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1753, tilikirjat vuodesta 1727 ja historiakirjat vuodesta 1793. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1753–1990.
Seurakunnan kirkonarkistoa tuhoutui ilmeisesti pappilan mukana Viipurin kaupungin palossa 21.6.1793. Palossa kerrotaan tärveltyneen erityisesti Viipurin ruotsalaisen seurakunnan historiakirjat ja tuhoutuneen Viipurin nuoremman konsistorin kaikki asiakirjat sekä Viipurin seurakuntien muuta kirkollista omaisuutta.
Viipurin kaupungin seurakuntien asiakirjat ovat säilyneet vain osittain. Viipurin tuomiokirkkoseurakunnan kirkonkirjoista talvisodan aikana tuhoutuivat rippikirjat vuosilta 1849–1930, lastenkirjat vuosilta 1861–1919 ja historiakirjat syntyneiden osalta vuosilta 1901–1938, vihittyjen osalta vuosilta 1913–1938 ja kuolleiden osalta vuosilta 1903–1935. Näiden lisäksi luettelot muuttaneista vuosilta 1880–1930 ja kuulutetuista vuosilta 1881–1938 tuhoutuivat tai jäivät Venäjälle.
Seurakunnan lakkauttamisen jälkeen sen arkisto siirrettiin evankelis-luterilaisen kirkon keskushallinnon alaiseen Lakkautettujen seurakuntien keskusarkistoon (LSKA), jossa asiakirjoihin tehtiin merkintöjä vuoteen 1990. LSKA liitettiin Mikkelin maakunta-arkistoon 1990.
Kansallisarkisto on digitoinut Viipurin kaupungin jakamattoman seurakunnan ja suomalaisen seurakunnan eli tuomiokirkkoseurakunnan kaikki kirkonkirjat. Yli 100 vuotta vanha aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. 100 vuotta nuoremmat aineistot ovat käytettävissä kaikissa Kansallisarkiston tutkijasaleissa ja niiden käyttäminen edellyttää käyttöluvan hakemista.