Perustettiin Salon emäseurakunnan kappeliksi noin 1590. Erotettiin Salosta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi kuninkaan päätöksillä 18.3.1689, 26.5.1690 ja 11.11.1693, jolloin siihen liitettiin vuonna 1671 perustetut Pulkkilan ja Rantsilan kappelit.
Venäläisten mainitaan polttaneen kirkon 1591, jolloin se sijaitsi 1/4 peninkulman matkan päässä merestä. Kolehti kirkkoa varten määrättiin kannettavaksi 17.3.1699. Vuonna 1701 rakennettu kirkko korjattiin perusteellisesti 1852. Seurakunnan pappien virat järjestettiin uudelleen Hallitsevan konsistorin päätöksellä 5.7.1811. Siikajoen seurakunta säädettiin kahdeksi seurakunnaksi 3.11.1845 keisarillisella käskykirjeellä, jonka mukaan Siikajokeen tulivat kuulumaan Paavola, Rantsila sekä Revonlahti ja Piippolaan Kestilä sekä Pulkkila. Näistä Rantsila erotettiin itsenäiseksi seurakunnaksi 1873, Paavola 1874 ja Revonlahti 1925, jonka ero tosin toteutui vasta 1930. Seurakuntaan kuuluva Keskikylän rukoushuonekunta perustettiin 1929. Siikajoen kunta perustettiin 1868 ja siihen liitettiin Ruukin kunta 2007.
Michael Toppelius kertoo kirjeessään 25.4.1808 pojalleen Zachrikselle, että Suomen sodan taistelun aikana 18. huhtikuuta "första kanonkulan gick genom prostens byggning", ja että "kyrkan sköts i krass". Venäläiset ryöstivät pappilaa: "spoljerat källrar och visthus och tagit både silfver och gull".
Maakirjakylät
Karinkanta, Merikylä, Siikajoki, Ylipää
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherran entiset vastikejyvät jaettiin Siikajoen ja Piippolan kirkkoherroille keisarillisella käskykirjeellä 19.1.1860. Kirkkoherran vastikejyvät 3,56 hehtolitraa viljaa peräytettiin Keisarillisen senaatin päätöksellä 7.2.1896.
Kirkkoherrat
1690–1694 Johan Prochman
1694–1695 Henric Claudii Alholm
1695–1699 Laurentius Forbus
1699–1733 Johannes Johannis Forbus
1734–1761 Jakob Garvolius
1763–1776 Esaias Ravander
1777–1784 Kristian Henrik Keckman
1785–1800 Samuel Bohm
1803–1820 Jakob Arndt Carp
1824–1847 Isak Montin
1848–1858 Gustaf Henrik Schroderus
1862–1888 Johan Leonard Gumerus
1889–1893 Karl August Schroderus
1894–1899 Samuel Abraham Strömmer
1900–1914 Antti Vilho Karttunen
1915–1918 Osmo A. Salminen
1918–1927 Vihtori Hiissa
1928–1935 Armas Herva
1935–1961 Aarno Seppo
Kappalaiset
1595 Laurentius Jacobi
1629–1632 Marcus Jacobi, pitäjänapulainen
1653–1699 Josephus Josander
1699–1743 Henricus Josander
1744–1764 Matthias Salmelin
1767–1773 Jakob Chydenius
1775–1791 Petter Fortelius
1794–1800 Abraham Sinius
1801–1826 Israel Frosterus
1829–1832 Johan Henrik Hjulberg
1833–1838 Gustaf Alrik Frosterus
1839–1858 Erik August Montin
1859–1864 Johan Lagus
1865–1867 Emanuel Snellman, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1726–1733 Simon Pecklin, vt. kirkkoehrra
1734 Jakob Garvolius, kirkkoherran viran armovuodensaarnaaja
1734–1739 Johan Simelius, kappalaisen apulainen
1743–1744 Matthias Salmelin, kappalaisen viran armovuodensaarnaaja
1753–1754 Gustaf Bohm, apulaispappi
1754–1767 Matthias Termenius, kappalaisen apulainen
1758–1763 Samuel Bohm, kirkkoherran apulainen
1770–1782 Jakob Ravander, kirkkoehrran apulainen
1780–1782 Anders Kranck, kirkkoherran apulainen
1783– Elias Kranck, kappalaisen apulainen
1786–1794 Abraham Sinius, kappalaisen apulainen
1800–1801 Johan Jakob Frosterus, armovuodensaarnaaja
1793–1796 Samuel Bohm, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1800–1803 Samuel Bohm, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1803–1810 Baltasar Frans Groen, kirkkoherran apulainen
1810–1817 Adolf Snellman, kirkkoherran apulainen
1817–1824 Johan Erik Bergstedt, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1826–1827 Karl Abraham Keckman, kirkkoherran apulainen
1832–1833 Erik August Montin, välisaarnaaja, kirkkoherran apulainen
1836–1839 Erik August Montin, välisaarnaaja, kirkkoherran apulainen
1839–1840 Peter Alexander Polviander, kirkkoherran apulainen
1840 Nils Fellman, kirkkoherran apulainen
1840–1844 Karl Johan Forsström, kirkkoherran apulainen
1844–1846 Robert Vilhelm Montin, kirkkoherran apulainen
1847–1848 Lars Magnus Castrén, sijaiskirkkoherra
1848–1851 Karl Immanuel Hällfors, kirkkoherran apulainen
1851–1852 Edvard Leonard Levon, kirkkoherran apulainen
1852 Gustaf August Montin, kirkkoherran apulainen
1854–1861 Emil August Wichmann, kirkkoherran apulainen, virka– ja armovuodensaarnaaja
1868 Josef Österbladh, kirkkoherran apulainen
1868–1869 Henrik Edvard Schroderus, kirkkoherran apulainen, myös Revonlahdella
1870–1871 Johan Gustaf Sipilä, kirkkoherran apulainen
1871–1872 Nils Henrik Bergh, kirkkoherran apulainen
1872–1875 Johan Gustaf Sipilä, kirkkoherran apulainen
1875–1877 Jonatan Gummerus, kirkkoherran apulainen
1877–1881 Jaakko Schwarzenberg, kirkkoherran apulainen
1881–1889 Jonas Eliel Snellman, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1893–1894 Antti Adolf Gummerus, vt. kirkkoherra
1899–1900 Matti Alexander Nikkilä, vt. kirkkoherra
1914–1915 Toivo P. Liimatta
1918–1921 Frans Josef Bergh
1927–1928 Mauri J. Kokko
1935 Yrjö Kurkela
1940 Heikki Anttila
1941–1942 Toivo S. Nurkkinen
1943–1944 Aarre Nenye
Arkisto
Siikajoen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1730, tilikirjat vuodesta 1722 ja historiakirjat vuodesta 1722. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Oulussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1681–1967.
Kansallisarkisto on digitoinut Siikajoen seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.