Mainitaan kuuluneen Sakkolan pogostaan 1500. Pyhäjärven pitäjän alueella olleita tiloja kuului mainittuna vuonna Käkisalmen Nikolskoin, Valamon ja Konevitsan lustareille, ja aiemmin sen kyliä oli kuulunut Tverin läheisyydessä sijainneelle Beshitzin luostarille. Konevitsan luostarin perusti Novgorodista kotoisin ollut Athos-luostarin munkki, joka rakennutti kirkon Pyhän Neitsyen synnyttämisen nimikoksi 1398. Ruotsalaiset hävittivät luostarin 1577 ja se oli autiona vuoteen 1595. Munkit pakenivat toisen kerran 1610, jonka jälkeen luostari oli autio ja saarta viljelivät suomalaiset talonpojat. Luostari annettiin lahjoituksena provianttimestari E. Michelssonille. Luostari sai takaisin oikeutensa 1716, mutta asetettiin Novgorodin Drevennitskoin luostarin alaiseksi 30.4.1718. Luostarille lahjoitettiin kaksi kalastuspaikkaa Räisälästä 1797 ja 6 3/8 atran maa Sakkolan Ruunuvallasta 18.2.1797.
Stolbovan rauhan jälkeen Pyhäjärven luterilaiset käyttivät osaksi Käkisalmen ja osaksi Sakkolan tuolloin Kiviniemellä sijainnutta kirkkoa. Pyhäjärvi mainitaan nimismiehen pitäjänä 1606, mutta sen alue kuului Sakkolaan vielä 1614. Luterilaisella seurakunnalla oli oma kirkkoherra 1632–1642, mutta seurakunta asetettiin Käkisalmen anneksiksi 1642, ja näillä seurakunnilla oli yhteinen kirkkoherra siihen saakka, kunnes silloinen kirkkoherra jätti Käkisalmen hoidon toiselle 1735. Pyhän Mikaelin nimikkokirkko rakennettiin 1764 ja vihittiin käyttöön 4.12.1765.
Pyhäjärven kunta luovutettiin kokonaisuudessaan Neuvostoliitolle 19.9.1944 solmitun välirauhansopimuksen mukaan ja kunnan toiminta loppui vuoden 1948 kuluessa Suomen eduskunnan säätämän lain mukaisesti (Suomen asetuskokoelma 486/1948). Pyhäjärven seurakunta lakkautettiin ja kaikkien luovutettujen alueiden seurakuntien toiminta päättyi 31.12.1949, jonka jälkeen niin sanottujen siirtoseurakuntien luterilaiset jäsenet kirjattiin asuinpaikkakuntansa seurakunnan kirkonkirjoihin. Vuoden 1945 maanhankintalain mukaisen sijoitussuunnitelman mukaan Pyhäjärven asukkaat sijoitettiin Karkkuun, Hämeenkyröön, Tyrväälle, Keikyälle, Kiikkaa, Huittisiin, Mouhijärvelle, Jämijärvelle, Ikaalisiin, Suodenniemelle, Suoniemelle, Nokialle, Kauvatsalle, Kiikoisiin ja Lavialle.
Kylät
Alakylä, Enkkua, Haapaniemi, Hassinmäki, Ivaskansaari, Jaama, Kahvenitsa, Kalamaja, Kelja, Kiimajärvi, Kivipaarina, Konnitsa, Korkkala, Kostermaa, Kunnianniemi, Lahnavalkama, Larjava, Lohijoki, Matiskala, Miisua, Motrua, Musakanlahti, Noitermaa, Orola, Pattoinen, Pölhölä, Porsaanmäki, Puikkoinen, Pyhäkylä, Rahkajärvi, Rantakylä, Riiska, Rotjanlahti, Ryhmäkylä, Saapru, Salitsanranta, Sortanlahti, Suhapaarina, Tiitua, Tolsterniemi, Valkeamäki, Vernitsa, Yläjärvi
Naapuriseurakunnat
Papisto
Käkisalmen ja Pyhäjärven yhteisen kirkkoherran virkataloon, 2 atran maata Orolan Syrjäpyhässä jo 1654, lisättiin yksi atra kihlakunnanoikeuden päätöksellä 22.10.1684. Myöhempi virkata lohkaistiin 1838. Kappalaisen virkataloksi annettiin kenraalikuvernööri Jöran Sperlingin kirjeellä 5.3.1685 yksi atran maa Gaddilan kylästä. Myöhemmin kappalaisen virkatalon pinta-ala oli vuoden 1838 jaon mkaan 667 tynnyrinalaa.
Papiston palkasta tutkimus kihlakunnanoikeudessa 5.10.1758, jonka laamanninoikeus vahvisti 18.2.1773 ja oikeuskollegio 12.9.1773. Suostumus papiston palkasta tehtiin 11.8.1850 ja vahvistettiin 15.3.1851. Koulumestarin palkasta oikeuskollegion päätös 15.1.1781. Uudessa palkkausjärjestyksessä 5.4.1895 säädettiin, että maksuperustuksena tilallisten jyvämaksuun oli ne manttaalit, jotka pantiin tiloille uudessa verolaskussa.
Kirkkoherrat
1642–1653 Laurentius Sigfridi Biur
1653–1688 Henric Boisman
1689–1710 Johannes Serlachius, pakeni Ruotsiin
1710–1720 Johannes Ursinus
1721–1735 Andreas Strandman
1735–1751 Andreas Strandman
1751–1783 Andreas Strandman nuorempi
1785–1829 Henrik Vilhelm Wolter
1831–1833 Karl Johan Brusin
1837–1886 Johan Magnus Zitting
1888–1897 Kristian Emanuel Calonius
1899–1907 Julius Selim Toikka
1910–1929 Johan Emil Lindegren, nimitettiin virkaan 1908
Kappalaiset
1644–1662 Johannes Erici
1662–1684 Jacobus Jaerpenius
1693–1710 Johannes Ursinus
–1710 Jacobus Jaerpenius, nuorempi
1718–1722 Samuel Wastin
1733–1739 Carl Ursinus
1739–1743 Martin Platzman
1743–1752 Petrus Ursinus
1752–1761 Petrus Miltopaeus
1763–1779 Johannes Stråhlman
1781–1794 Jacob Lilius
1794–1839 Gabriel Kristian Schwindt
1840–1872 Peter Johan Relander
1875–1881 Anders Vinter
1882–1901 Karl Vilhelm Brummer
1904–1919 Oskar Herman Vuorivirta e Bergström
1919–1926 Karl Adolf Wikman
Ylimääräiset papit
1804–1805 Johan Henrik von Zweygberg, kirkkoherran apulainen
1807–1815 Karl Teodor Stråhlman, kirkkoherran apulainen
1815–1822 Karl Gustaf Ferrin, kirkkoherran apulainen
1822–1825 Henrik August Schwindt, kappalaisen apulainen
1824–1832 Kristian Anders Hackzell, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1830 Alexander Magnus Oleander, sijaiskirkkoherra
1830 Bengt Simming, sijaiskirkkoherra
1832–1833 Herman Olivier Roschier, kirkkoherran apulainen
1833 Samuel Henrik Nordström, kirkkoherran apulainen
1833–1834 Karl Alfred Nysten, kirkkoherran apulainen, virkavuodensaarnaaja
1834–1837 Klas Kristian Albert Tötterman, sijaiskirkkoherra
1834–1835 Karl Magnus Alopæus, kappalaisen apulainen
1835–1849 Paul Teodor Schwindt, kappalaisen apulainen, armovuodensaarnaaja
1845–1847 Malakias Faler, kirkkoherran apulainen
1847–1848 Zakarias Lille, kirkkoherran apulainen
1848–1853 Anders Vinter, kirkkoherran apulainen
1853–1858 Alfred Sillfors, kirkkoherran apulainen
1858 August Gabriel Isak Meron, kirkkoherran apulainen
1858–1861 Aloys Jeremias Piispanen, kirkkoherran apulainen
1861–1865 Alexander Joakim Kuldan, kirkkoherran apulainen
1865 Adolf Sonné, kirkkoherran apulainen
1865–1866 David Gustaf Mölsä, kirkkoherran apulainen
1866–1871 Otto Gustaf Blomgren, sijaiskirkkoherra
1871 Kleofas Immanuel Nordlund, sijaiskirkkoherra
1871–1881 Alexander Sirén, sijaiskirkkoherra ja vt. kappalainen
1874 Julius Selim Toikka, vt. kappalainen
1874–1875 Karl Johan Lind, vt. kappalainen, kehruuhuoneen saarnaaja
1881–1882 Karl Gustaf Markkula, vt. kirkkoherra
1882–1883 Johan Alexander Collan, kirkkoherran apulainen
1883 Karl Fredrik Toikka, kirkkoherran apulainen
1884 Johan Auvinen, kirkkoherran apulainen
1884–1888 Frans Henrik Snellman, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1890–1891 Hugo Vinter, kirkkoherran apulainen
1892–1895 Gustaf Albin Plathan, kirkkoherran apulainen
1895–1896 Konstantin Anselm Virtanen, kirkkoherran apulainen
1896–1899 Edvard Lamppu, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1902–1903 Arvi Brynolf Rautio, vs. kappalainen armovuodensaarnaaja
1903–1904 Yrjö Juhani Hofström, vt. kappalainen, armovuodensaarnaaja, vt. kirkkoherra
1917–1918 Frans Arvi Vasama, vt. kirkkoherra
Arkisto
Pyhäjärven (Viipurin lääni) seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1737, tilikirjat vuodesta 1827 ja historiakirjat vuodesta 1721. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1721–1989.
Seurakunnan kappalaisen virkatalo, jonka päärakennus vasta oli valmistunut aikaisemman tultua käyttökelvottomana puretuksi, paloi kaikkine muine rakennuksineen yöllä vasten 19.7.1885, jolloin kaikki siellä olleet asiakirjat tuhoutuivat, ja ainoastaan harmonion sanotaan pelastetun.
Seurakunnan lakkauttamisen jälkeen sen arkisto siirrettiin evankelis-luterilaisen kirkon keskushallinnon alaiseen Lakkautettujen seurakuntien keskusarkistoon (LSKA), jossa asiakirjoihin tehtiin merkintöjä vuoteen 1990. LSKA liitettiin Mikkelin maakunta-arkistoon 1990.
Kansallisarkisto on digitoinut Pyhäjärven seurakunnan kaikki kirkonkirjat. Yli 100 vuotta vanha aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. 100 vuotta nuoremmat aineistot ovat käytettävissä kaikissa Kansallisarkiston tutkijasaleissa ja niiden käyttäminen edellyttää tutkimusluvan hakemista.