Perustettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja pitäjäksi 1200-luvulla. Seurakunnan alueelle perustettiin Pietarsaaren kaupunki 1652, kun kuningatar Kristiina oli lahjoittanut Pietarsaaren pitäjän kreivi Jakob de la Gardielle ja annettua luvan kaupungin perustamiselle, jolle kreivin leski Ebba Brahe antoi miesvainajansa mukaan nimen Jakobstad. Kaupunki sai privileionsa 1660, sen kirkko rakennettiin 1691 ja kaupunki erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904. Pietarsaaren maalaiskunnan nimi muutettiin Pedersöreksi 1989.
Seurakuntaan kuuluneista Kokkola perustettiin jo katolisella ajalla ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1467. Kruunupyy ja Uusikaarlepyy molemamt erotettiin 1607. Lappajärvi perustettiin kappeliksi 1637 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1786 ja 1812. Ähtävä perustettiin saarnahuonekunnaksi 1732, muodostettiin kappeliksi 1736 ja erotettiin 1865. Purmo perustettiin kappeliksi 1771 ja erotettiin 1867. Luoto perustettiin kappeliksi 1787 ja erotettiin 1863. Lepplaxin rukoushuonekunta perustettiin 1906 ja Kållbyn 1921.
Muut nimet
Pedersö, Pietarsaaren maaseurakunta
Kylät
Bennäs, Edsevö, Forsby, Kållby, Karby, Katternö, Kyrkoby, Lepplaks, Lövö, Östensö, Sundby, Västersund
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1431 Hans Pedersson
1533 Jakob Blom
1538 Jöns Fordell
? Nicolaus
1543–1569 Henricus Nicolai
1569–1600 Ericus Johannis Tenalensis
1600–1621 Canutus Henrici
1622–1636 Magnus Mathæi Gammal
1636–1650 Ericus Matthiæ Bothniensis (Fortelius)
1650–1653 Sveno Laurentii Vigelius
1654–1655 Carolus Canuti Westzynthius
1656–1660 Elias Marci Hamnius
1662–1692 Laurentius Johannis Preutz (Prytz)
1692–1714 Johannes Georgii Gezelius
1714–1718 Petrus Tigerstedt
1719–1729 Ericus Fant
1729–1752 Anders Degerman
1753–1753 Jakob Wikar
1754–1784 Gabriel Aspegren
1788–1812 Erik Brunnius
1816–1823 Jakob Chydenius
1825–1859 Johan Höckert
1861–1867 Henrik Heikel
1869–1805 Viktor Lars Helander
1907– Adolf Julius Lindberg
Kappalaiset
1558–1580 Johannes Henrici Fordell
1585–1607 Jacobus Sigfridi Borgoensis
1607–1628 Isaacus Erici Sursill
1628–1651 Ericus Isaaci Sursill
1652–1680 Johannes Henrici Tavast
1680–1694 Jacobus Caroli Westzynthius
1695–1712 Johannes Wendelius
1713–1734 Elias Teliin
1735–1755 Gustavus Benedicti Granroth
1756–1765 Anders Bange
1766–1784 Anders Carling
1787–1816 Jakob Chydenius
1817–1836 Gabriel Ahlbäck
1838–1842 Lars Schalin
1842–1851 Henrik Moliis
1852–1865 Anders Gustaf Cajanus
1865–1870 Isak Otto Appelberg
1870–1876 Henrik August Moliis
1876–1880 Petter Edvard Ervast
1880–1888 Matias Sandström
1888–1895 Henrik Eliel Vegelius
1896– Johannes Arvonen
Kappalaiset, toinen sarja
1581–1583 Ericus Johannis Tenalensis
1593–1600 Canutus Henrici
1601–1613 Magnus Matthiae Gammal
1623– Carolus Canuti Westsynthius
1655–1670 Petrus Olai Lundinus
1671–1684 Josephus Mathesius
1685–1695 Hans Preutz
1695–1695 Johannes Rivelius
1696–1719 Ericus Fant
1725–1737 Laurentius Gallenius
1738–1753 Zacharias Michaelis Dahl
1755–1756 Mikael Lithovius
1757–1783 Gabriel Hollmudd
1787–1830 Lars Mathesius
1831–1850 Erik Johan Chydenius
1854–1868 Olof Henrik Helander
1871–1876 Karl Nauklér
1880–1884 Gideon Lilius
1885–1892 Vilhelm Ingman
1893–1902 Yrjö Julius August Ask
1904–1907 Adolf Julius Lindberg, virka lakkautettiin
Pitäjänapulaiset ja pedagogit
1654 Jacobus Junnelius Uhloens
–1690 Jonas Littorenius
1690–1691 Samuel Julenius
1691–1698 Mathias Meylund
1698–1713 Benedictus Cederberg
1713–1722 Matthias Hellenius
1722–1725 Laurenius Gallenius
1725–1735 Johannes Benedicti Cederberg
1736–1756 Anders Bange
1758–1794 Lars Gallenius
1797–1815 Gabriel Ahlbäck
1816–1818 Eric Johan Chydenius
1818–1821 Johan Fredric Grottelin
1822–1824 Nils Petter Cajander
1824–1830 Nils Henric Chydenius
Ylimääräiset papit
1725–1733 Johan Ulsing, kirkkoherran apulainen
1730–1735 Abraham Archrenius, kirkkoherran apulainen
1737 Gustaf Pelander kappalaisen viran armovuosisaarnaaja
1740–1755 Mikael Lithovius, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1754–1762 Johan Kuhlberg, kirkkoherran apulainen
1763–1768 Kristfrid Ganander, kappalaisen apulainen
1757–1770 Abraham Aspegren, kirkkoherran apulainen
–1768 Simon Achrenius, kirkkoherran apulainen
1770– Gabriel Aspegren, kirkkoherran apulainen, kirkkoherra
1781–1782 Henrik Adrian Rislachius, kirkkoherranapulainen
1782–1792 Johan Moliis, kirkkoherran apulainen
1794–1802 Fredrik Jurvelius, kirkkoherran apulainen
1801–1806 Johan Sarelius, kirkkoherran apulainen
1807–1817 Abraham Hellström, kirkkoherran apulainen
1814–1818 Johan Fredrik Grottelin, välisaarnaaja, apupappi
1821–1852 Jakob Johan Richtman, kirkkoherran apulainen, armovuoden saarnaaja
1836–1838 Gustaf Johansson, armovuodensaarnaaja
1852–1861 Elias Fredrik Alcenius, kirkkoherran apulainen, sijais–kkh.
1864–1865 Johan Heininen, kirkkoherran apulainen
1868–1869 Haniel Östring, armovuodensaarnaaja
1885–1896 Johannes Arvonen, kirkkoherran apulainen
1895–1897 Erik Gabriel Ljufström, vt. 1. kappalainen, kirkkoherran apulainen
1897–1898 Edvard Kajander, kirkkoherran apulainen
1898–1900 Johan Engelbert Kallio, kirkkoherran apulainen
1900–02 Aleksander Kulla, kirkkoherran apulainen
1902 Frans Emil Lehto, kirkkoherran apulainen
1902–1904 Alexander Kulla, kirkkoherran apulainen
1904 Iisakki Vihtori Talvitie, vt. 2 kappalainen, kirkkoherran apulainen
1827–1831 Karl Henrik Fonselius, kappalainen, apupappi, välisaarnaaja
1848–1854 Emanuel Snellman, 2 kappalainenap., vt. kappalainen
1851–1852 Peter Alexander Polviander, vt. 1 kappalainen
1876–1880 Fredrik Nordgren, vt. 2 kappalainen
1884–1885 Ivar Rudolf Forsman, vt. 2 kappalainen
1895 Johan Erkki Kovero, vt. 1 kappalainen
1906–1907 Frans Jalmari Vesenterä, välisaarnaaja
Arkisto
Pedersören seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1693, tilikirjat vuodesta 1785 ja historiakirjat vuodesta 1751. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1862–1880.
Kansallisarkisto on digitoinut Pedersören seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.