Pietarsaaren kaupunki perustettiin Pietarsaaren emäseurakunnan alueelle, kun se sai perustuskirjansa marski Jakob de la gardien leskeltä Ebba Brahelta 19.6.1652. Kaupunki sai privilegionsa 21.11.1660. Kaupungin kirkko rakennettiin 1691, ja tämän kirkon venäläiset polttivat kellotapuleineen isonvihan aikana 30.11.1714. Erotettiin Pedersörestä eli Pietarsaaren maaseurakunnasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904, ero toteutui 1907 ja ensimmäinen kirkkoherra astui virkaansa 1908. Seurakunnassa toimineen Pietarsaaren luterilaisen rukoushuoneyhdistyksen (Jakobstads lutherska bönehusförening) säännöt vahvistettiin keisarillisessa senaatissa 9.11.1900.
Muut nimet
Jakobstad
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1908– Paul Gustaf Vikman
Ylimääräiset papit
1819– Johan Carl Ebeling, pedagogi
1819– Gabriel Wallenius, pedagogi
1907–1908 Johannes Arvonen, vt. kirkkoherra, maaseurakunnan kappalainen
Arkisto
Pietarsaaren seurakunnan historiakirjat vuodesta 1694. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1649–1929.
Kansallisarkisto on digitoinut Pietarsaaren seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.