Alkuaan Jyväskylän alueet kuuluivat vuonna 1560 perustettuun Rautalammin emäseurakuntaan ja ne siirrettiin kuuluvaksi Laukaaseen 1628. Jyväskylän seutu kuului Saaren nimismiehenpitäjään 1571. Piispa Thauvonius antoi luvan kirkon rakentamiselle Jyväskylän kulmakuntaan 1660 ja perustettuun seurakuntaan liitettiin kuuluvaksi 36 tilaa Jämsästä. Kappeliksi sanotun seurakunnan kirkko mainitaan rappeutuneeksi jo 1691. Kuningas määräsi piispa Bångin asettamaan seurakuntaan apulaisen 18.11.1693. Emäseurakunnan pitäjänapulainen siirrettiin seurakuntaan 1787, jolloin virka muutettiin kappalaisen viraksi. Jyväskylän jakamaton maa- ja kaupunkiseurakunta erotettiin Laukaasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 4.2.1856, jolloin siihen liitettiin kuuluvaksi Jämsästä Petäjäveden kappeli. Jyväskylän maalaiskunta perustettiin 1868 ja liitettiin Laukaan kuntaan 2009.
Petäjäveden kappeli erotettiin Jyväskylän maaseurakunnasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1867 ja Jyväskylän kaupunki 1875. Seurakuntaan kuulunut Toivakka perustettiin rukoushuonekunnaksi 1871, muodostettiin kappeliksi 1873 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1901. Jyväskylän seurakuntatalon yhdistyksen säännöt vahvistettiin Keisarillisessa senaatissa 20.1.1904. Jyväskylän maaseurakunnasta ja maalaiskunnasta liitettiin Jyväskylän kaupunkiin Syrjälän ja Mäki-Matin alueet 1908, Nisula, Louhikoski, Tourula, Halssila ja Etu-Lejo 1941 sekä Lankaharju 1944.
Muut nimet
Jyväskylä landsförsamling
Maakirjakylät
Haapaniemi, Jyväskylä, Keljo, Korttajärvi, Leppävesi, Nyrölä, Oravasaari, Palokka, Savio, Tikkamannila, Wesanka
Naapuriseurakunnat
Papisto
Äijälän tila lunastettiin 352 riikintaalarilla virkataloksi 20.4.1787. Tämä vahvistettiin kuninkaan kirjeellä 9.6.1789 ja kamarikollegion kirjeellä 22.6.1789. Kirkkoherran virkatalon hankkimisesta Keisarillisen senaatin kirje 28.10.1867. Virkatalon vaihdosta Keisarillisen senaatin päätös 25.9.1878. Uuden kirkon rakennuksesta ja rakennusvelvollisuudesta Keisarillisen senaatin siviilitoimituskunnan kirje 20.9.1871. Papiston palkasta suostumus 14.10.1787, maaherran päätös 13.10.1837 sekä Keisarillisen senaatin päätökset 10.11.1838 ja 17.3.1839.
Kirkkoherrat
1881–1888 Nestor Järvinen
1889–1904 Karl Abel Heikel
1905–1917 Gustaf Adolf Heman
1918–1928 Ludvig Sjöstedt
1929–1947 Johan Viktor Wihermäki (Vihemäki)
1949–1973 Arvi Olavi Tukiainen
Vt. kirkkoherrat
1888–1889 Juho Heikki Reijonen
1904–1905 Jooseppi Arra
1907–1909 Matti Mikael Jaakkola
Kirkkoherran apulaiset
1903–1904 Sven Abiel Heikel
1904–1907 Jooseppi Arra
1906–1907 Gustaf Immanuel Harvio (Hoffrén)
1908 August Riihimäki
1908 Toivo Kansanen
1909– Knut Fabian Perkiö
Kappalaiset
1787–1794 Johan Agander
1797–1815 Johan Tuderus
1816–1839 Johan Mårten Strömmer
1841–1847 Adam Virén
1849–1877 David Brummer
1869–1881 Gustaf Oskar Schöneman
1948–1965 Risto Pyysalo
Vt. kappalaiset
1809–1812 Adam Melén
1812–1814 Gustaf Lindroos
1814–1816 Gustaf Varén
1816 Adam Malén
1841 Adam Virén
1844–1848 Robert Vilhelm Brummer
1848–1849 Johan Adolf Alopaeus
1877–1881 Alfons Johan Alexander Lönnroth
Kappalaisen apulainen
1830 Johan Georg Hofström
1831–1841 Lars Johan Kekoni
1855–1857 Konrad Edvard Tornberg
1864 Tobias Hagelin
1873–1874 Karl Vilhelm Brummer
1874 Elias Paajanen
1874–1875 Robert Ferdinand Bergh
1875–1876 Anders Vilhelm Leonard Gyllenbögel
Pitäjänapulaiset
1727–1738 Erik Lyra
1744–1761 Jakob Tuderus
1763–1780 Johan Borgstedt
1780–1787 Otto Reinhold Bökman
Arkisto
Jyväskylän seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1726, tilikirjat vuodesta 1838 ja historiakirjat vuodesta 1765. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Jyväskylässä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1726–1950-luku.
Vuoden 1793 tarkastuksessa oli mainitaan historiakirjat vuodesta 1731. Suomen sodan aikana 1808 venäläiset polttivat nuotiossaan kirkkotarhan ympäri vuonna 1806 rakennetun hirsisen aidan. Seurakunnan kirkko sekä kellotapuli paloivat perustuksiaan myöden 27.1.1918.
Kansallisarkisto on digitoinut Jyväskylän seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.