Alkuaan Viipurin emäseurakunnan kappeli, joka mainitaan Viipurin kirkkoherran anneksina Viipurin Rannan pitäjänä (Wiborgs Strands socken) 1614, ja myöhemmin Kakin kappeliseurakuntana. Suomenlahden ulkosaaret liitettiin Viipurin emäseurakuntaan 1710, ja Kakin kappalainen mainitaan Lavansaaren, Tytärsaaren ja Isosaaren pastorina (pastor insularum Lavansaari, Tytters et Hogland) oikeuskollegion kirjeessä 23.5.1763. Hakemukseen kappeliseurakunnan erottamiseksi keisari antoi kieltävän vastauksen 5.4.1830, jolloin Viipurin kirkkoherra määrättiin palkkaamaan kaksi apulaista. Erotettiin Viipurista itsenäiseksi Pyhän Johanneksen kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 5.12.1859. Seurakunnan silloinen kirkko, joka oli vihitty 24.6.1756 tai mainitun vuoden Johanneksen päivänä, oli Pyhän Johanneksen nimikko, joskin seurakunnan vanhempi kirkko mainitaan tällä nimellä jo 1705. Uusi tiilinen kirkko vihittiin käyttöön 15.7.1888.
Johanneksen kunta luovutettiin kokonaisuudessaan Neuvostoliitolle 19.9.1944 solmitun välirauhansopimuksen mukaan ja kunnan toiminta loppui vuoden 1948 kuluessa Suomen eduskunnan säätämän lain mukaisesti (Suomen asetuskokoelma 486/1948). Johanneksen seurakunta lakkautettiin ja kaikkien luovutettujen alueiden seurakuntien toiminta päättyi 31.12.1949, jonka jälkeen niin sanottujen siirtoseurakuntien luterilaiset jäsenet kirjattiin asuinpaikkakuntansa seurakunnan kirkonkirjoihin. Vuoden 1945 maanhankintalain mukaisen sijoitussuunnitelman mukaan Johanneksen asukkaat sijoitettiin Kuusistoon, Paimioon, Lietoon, Kaarinaan ja Piikkiöön.
Muut nimet
Pyhä Johannes, S:t Johannes, Kakkis, Kakki
Kylät
Ahokas, Alakirjola, Haltiansaari, Hankala, Hannukkala, Huistuppula, Huunonsaari, Hylkiälä, Kaijala, Kaislahti, Karhula, Kivitokes, Kolmikesälä, Koskijärvi, Kukkola, Lenkeri, Lippola, Monola, Niemelä, Ojala, Päätilä, Pukki, Pukkisaari, Pyökäri, Räihälä, Rapeli, Riionsaari, Rokkala, Tikkala, Uuras, Vaahtola, Virolainen
Naapuriseurakunnat
Papisto
Hannukkalan tila annettiin kappalaisen virkataloksi 1674 ja vaihdettiin Vaahtolan tilaan 20.7.1693. Seurakunta oli kirkkoherran yksin hoidettava, mutta kirkkoherra oli velvollinen palkkaamaan vakinaisen apulaisen keisarin käskykirjeellä 5.12.1859. Kappalaisen palkasta vahvistettiin suostumus 18.3.1848. Maakauppiaitten kirkollisista maksuista keisarillisen senaatin päätös 26.1.1870 ja myllynomistajien maksuista keisarillisen senaatin päätös 3.5.1877. Eräistä kirkollisista maksuista keisarillisen senaatin päätös 2.12.1880.
Kirkkoherrat
1860–1867 Anders Gustaf Hahl
1867–1899 Per Jakob Igoni
1903– Viktor Hämäläinen
Kappalaiset
1674–1684 Carolus Abrahami Jachaenius
1692–1705 Paul Jakob Krogius
1705– Johan Brotherus
–1710 Lars Hemelin
1710–1711 Paul Krogius
1724–1726 Henrik Bonderus
1732–1737 Laurentius Rothinius
1738–1757 Johan Lindström
1759–1779 Karl Johan Melartopaeus
1779–1803 Fredrik Gustaf Palmaeus
1806–1828 Jonas Carpeus
1832–1847 Efraim Hollmén
1850–1856 Klas Gustaf Beyrath
1856–1860 Anders Gustaf Hahl, virka lakkautettiin
Ylimääräiset papit
1800–1805 Fredrik Peronius, apulainen, armovuoden saarnaaja
1805 Johan Henrik Zweygberg, armovuoden saarnaaja
1805–1808 Elias Hupner, armovuoden saarnaaja, apulainen
1811–1812 Abraham Josef Vahlberg, apulainen
1820–1826 Samuel Grönqvist, kappalaisen sijainen
1826–1832 David Alexander Metén, kappalaisen sijainen, vt. kappalainen
1845 Malakis Faler, kappalaisen apulainen
1845 Lars Romell, kappalaisen sijainen
1845–1846 Zakarias Lille, kappalaisen sijainen
1846–1847 Jakob Helenius, kappalaisen sijainen, virkavuoden saarnaaja
1847–1850 Johan Hertz, virka– ja armovuodensaarnaaja
1863 Karl Adolf Edvard Winter, kirkkoherran apulainen
1878–1879 Peter Snellman, kirkkoherran apulainen
1880–1881 Matias Takala, kirkkoherran apulainen
1881–1882 Robert Ferdinand Bergh, kirkkoherran apulainen
1882–1883 Henrik Johan Helin, kirkkoherran apulainen
1883–1884 Matias Takala, kirkkoherran apulainen
1884–1886 Paavo Pitkänen, kirkkoherran apulainen
1886 Gustaf Henrik Kauppila, kirkkoherran apulainen
1887 Viktor Pusa, kirkkoherran apulainen
1888 Viktor Järvinen, kirkkoherran apulainen
1888–1889 Gustaf Artur Palmroth, kirkkoherran apulainen
1890–1901 Viktor Hämäläinen, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1901 Bror Emil Fagerlund, vt. kirkkoherra
1901–1903 Antero Juhana Räty, vt. kirkkoherra ja väliajan saarnaaja
1908 Taavetti Kapiainen, vt. kirkkoherra
Arkisto
Johanneksen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1736, tilikirjat vuodesta 1739 ja historiakirjat vuodesta 1732. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1732–1989.
Seurakunnan lakkauttamisen jälkeen sen arkisto siirrettiin evankelis-luterilaisen kirkon keskushallinnon alaiseen Lakkautettujen seurakuntien keskusarkistoon (LSKA), jossa asiakirjoihin tehtiin merkintöjä vuoteen 1990. LSKA liitettiin Mikkelin maakunta-arkistoon 1990.
Kansallisarkisto on digitoinut Johanneksen seurakunnan kaikki kirkonkirjat. Yli 100 vuotta vanha aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. 100 vuotta nuoremmat aineistot ovat käytettävissä kaikissa Kansallisarkiston tutkijasaleissa ja niiden käyttäminen edellyttää tutkimusluvan hakemista.