Perustettiin Laitilan emäseurakunnan kappeliksi 1695. Kirkko rakennettiin 1755 ja sen paikkaa siirrettiin ja sitä suurrennettiin 1799. Erotettiin Laitilasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 7.11.1864. Euran emäseurakuntaan kuulunut Honkilahden kappeli määrättiin kuuluvaksi Hinnerjokeen keisarillisen senaatin päätöksellä 16.3.1897, kun Euran silloinen kirkkoherra poistuu virasta, mutta tätä ei ehditty toteuttaa ennen kuin Honkilahti erotettiin Eurasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1904. Hinnerjoen kunta liitettiin Euran kuntaan 1970.
Kylät
Hinnerjoki, Kivijärvi, Korpi, Vaaljoki
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen palkasta kuninkaan päätös 20.6.1805. Kirkkoherran palkasta keisarin päätös 26.10.1865.
Kirkkoherrat
1875–1890 Johan August Valdstedt, ensin vt. kirkkoherra
1892–1893 Johan Nestor Kalinen
1894–1907 Herman Miettinen
1908–1913 Herman Oskar Mäkelä
1914–1920 Kustaa Kylänpää
1920–1922 Yrjö Henrik Valter Mäkelä (Mikonmäki)
1923–1941 Bertel Teodor Allan Kaira (Hildén)
Kappalaiset
1695–1721 Ericus Rithovius
1722–1724 Zacharias Boelius
1724–1748 Gustaf Allenius
1749–1773 Wilhelm Boelius
1774–1794 Isak Arenander
1795–1804 Johan Valdstedt
1806–1818 Jakob Syrenius
1820–1838 Fredrik Valdstedt
1838–1843 Berndt Fredrik Gedda
1843–1870 Fredrik Adolf Björkqvist, virka lakkautettiin 1874
Ylimääräiset papit
1750 Karl Vallgrund, kappalaisen apulainen
1767– Gustaf Lagus, kappalaisen apulainen
1801–1804 Matias Granberg, kappalaisen apulainen
1804–1806 Erik Perander, välisaarnaaja
1806 Karl Cavén, välisaarnaaja
1819–1820 Johan Arell, välisaarnaaja
1830–1831 Henrik Hidén, kappalaisen apulainen
1843 Johan Henrik Holmsten, välisaarnaaja
1871–1873 Selim Ferdinand Possén, välisaarnaaja
1873–1874 Johan Ferdinand Lahtonen, välisaarnaaja
1874–1875 Johan Gustaf Alfred Helenius, välisaarnaaja
1888–1890 August Fredrik Valdstedt, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1890–1892 Jakob Eliel af Hällström, vt. kirkkoherra
1893–1894 Karl Edvin Petterson, vt. kirkkoherra
1907 Väinö Alban Suojamaa, vt. kirkkoherra
1907–1908 Herman Oskar Mäkelä, vt. kirkkoherra
Arkisto
Hinnerjoen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1740, tilikirjat vuodesta 1760 ja historiakirjat vuodesta 1748. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1724–1945.
Kansallisarkisto on digitoinut Hinnerjoen seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1880-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.