Perustettiin Sortavalan, Impilahden, Ruskealan ja Soanlahden osista itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 4.4.1916 ja ero toteutui 1918, jolloin ensimmäinen virkaa toimittanut kirkkoherra astui virkaansa. Seurakuntaan liitettiin osia Ruskealasta 1920 ja Soanlahden Niinisyrjän kylä 1925. Harlun kunta perustettiin 1922.
Harlun kunta luovutettiin kokonaisuudessaan Neuvostoliitolle 19.9.1944 solmitun välirauhansopimuksen mukaan ja kunnan toiminta loppui vuoden 1948 kuluessa Suomen eduskunnan säätämän lain mukaisesti (Suomen asetuskokoelma 486/1948). Halrlun seurakunta lakkautettiin ja kaikkien luovutettujen alueiden seurakuntien toiminta päättyi 31.12.1949, jonka jälkeen niin sanottujen siirtoseurakuntien luterilaiset jäsenet kirjattiin asuinpaikkakuntansa seurakunnan kirkonkirjoihin. Vuoden 1945 maanhankintalain mukaisen sijoitussuunnitelman mukaan Harlun asukkaat sijoitettiin Pieksämäelle, Hankasalmelle, Konnevedelle, Toivakkaa, Kangasniemelle, Leivonmäelle ja Suonlahdelle.
Kylät
Harlu (Leppäkoski), Häyskynvaara, Heinäjoki, Honkakylä, Joensuu, Kirkkolahti, Kontiolahti, Läskelä, Mäkisalo, Nukuttalahti, Orjatlahti, Pellotsalo, Pieni Tulola, Pohjus, Purovaara, Putsinlahti, Riekkala, Sulkasenlahti, Suuri Rytty, Suuri Tulola, Telkinniemi, Tukianmäki, Uijalanranta
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1924–1940 Ilmari Tuominen
Ylimääräiset papit
1918–1923 Lauri Vilho Halla, vt. kirkkoherra
1923–1924 Siilas Leskinen, vt. kirkkoherra
1941–1947 Martti Kohonen, vt. kirkkoherra
Arkisto
Harlun seurakunnan rippi- ja historiakirjat vuodesta 1918. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1901–1983.
Seurakunnan lakkauttamisen jälkeen sen arkisto siirrettiin evankelis-luterilaisen kirkon keskushallinnon alaiseen Lakkautettujen seurakuntien keskusarkistoon (LSKA), jossa asiakirjoihin tehtiin merkintöjä vuoteen 1990. LSKA liitettiin Mikkelin maakunta-arkistoon 1990.
Kansallisarkisto on digitoinut Harlun seurakunnan kaikki kirkonkirjat. Yli 100 vuotta vanha aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. 100 vuotta nuoremmat aineistot ovat käytettävissä kaikissa Kansallisarkiston tutkijasaleissa ja niiden käyttäminen edellyttää tutkimusluvan hakemista.