Mainitaan Kokemäen emäseurakunnan rukoushuonekuntana jo 1392. Seurakunnalla mainitaan olleen oma kirkko ainakin jo 1455. Erotettiin Kokoemäestä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja pitäjäksi keisarin käskykirjeellä 6.4.1868. Harjavallan kunta perustettiin 1869 ja muodostettiin kauppalaksi 1968 ja kaupungiksi 1977.
Maakirjakylät
Aakula, Hauvola, Hampula, Havinki, Harola, Hiirijärvi, Kiusala, Järilä, Kareksela, Laihia, Kaurula, Kaukaritsa, Keipilä, Kokemäen kartano, Koskenkylä, Kuurola, Köömilä, Laikka, Lempainen, Merstola, Mämminmäki, Niuttala, Näyhälä (Näähälä), Pelhola, Pirilä, Penttilä. Pirkkala (Brikkala), Pitkäpäälä, Ruikkala, Teikarla, Suomenkylä, Torttila, Torvela, Vareksela, Viikari, Villiö, Vinnari, Vuolle
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1878–1887 Johan Gustaf Hällfors
1889–1902 Edvard Optatus Setälä
1903–1908 Alfred Brynolf Leivo
1909– Kustaa Emil Raimoranta
Kappalaiset
1587 Matthias Martini
1593 Jacobus Henrici
1630 Josephus Matthiœ
1638 Elias
1643–1666 Georgius Kuhlman
1670–1720 Paulus Bage
1722–1737 Anders Polviander
1751–1771 Anders Flamenius
1773–1776 Anders Nummelin
1775–1791 Karl Scheffer
1791–1803 Matthias Sundvall
1806–1815 Gabriel Gottleben
1817–1823 Abraham Paulin
1824–1831 Karl Johan Hjerpe
1834–1842 Matias Kumlin
1842–1844 Klas Johan Tamlander
1846–1876 Karl Fredrik Gråå
Ylimääräiset papit
1722–1728 Anders Algeen, armonvuodensaarnaaja
1739–1751 Anders Flamenius, armonvuodensaarnaaja
1772–1774 Anders Johan Mennander, armonvuodensaarnaaja
1798–1806 Fredrik Solinius, armonvuodensaarnaaja
1808–1813 Georg Gustaf Mustelin (Becker), kappalaisen apulainen
1813–1816 Paul Carlsson, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen
1816–1817 Henrik Gonander, vt. kappalainen
1823–1824 Josef Pahlman, välisaarnaaja
1829–1834 Lars Gustaf Morén, kappalaisen apulainen, virka- ja armovuodensaarnaaja
1842 Berndt Gustaf Ringbom, vt. kappalainen
1844–1846 Oskar Olof Virzenius, virka- ja välisaarnaaja
1857–1858 Karl Gustaf Vallenius, kappalaisen sijainen
1858–1859 Elias Malmberg, kappalaisen sijainen
1859 Karl Edvard Hagelberg, kappalaisen sijainen
1872–1878 Matias Viktorinus Jaakkola, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra
1887–1889 Karl Emil Bergroth, vt. kirkkoherra
1902–1903 Ernst Edvard Engström, vt. kirkkoherra
1908 Johannes Saxén, vt. kirkkoherra
1909 Frans Evert Alarik Kotiranta, vt. kirkkoherra
Arkisto
Harjavallan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1760, tilikirjat vuodesta 1708 ja historiakirjat vuodesta 1731. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1708–1931.
Seurakunnan pappila paloi 11.11.1889, jolloin tuhoutui suurin osa kirkonarkistoa, muun muassa rippikirjat vuosilta 1807–1889 ja historiakirjat vuosilta 1793–1889. Punaiset hävittivät vapaussodan aikana 1918 ne kirkon tilikirjat, jotka olivat silloin kirkonisännöitsijän hallussa.
Kansallisarkisto on digitoinut Harjavallan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1800-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.