Mainitaan Sakkolan pogostaan kuuluneena kyläkuntana 1500. Kirjallisuudessa on väitetty, että piispa Laurbechius olisi antanut 1600-luvulla luvan Kiviniemen kappelikirkon muutolle Metsäpirttiin, jossa papisto neljä–viisi kertaa vuodessa toimitti jumalanpalveluksia ilman, että siellä oli hautausmaata tai vihittyä kirkkoa. Konsistoriaalitarkastuksessa 1745 annettiin kieltävä vastaus anomukseen kappelin rakentamisesta Kiviniemelle mutta Suvannonpään seudun asukkaita kehotettiin rakentamaan kappeli Metsäpirttiin, mihin anottaisiin lupaa konsistorilta. Metsäpirtin kappelikirkon katto oli hyvin rappeutunut ja uusi kirkko rakennettiin 1791. Kirkko purettiin ja rakennettiin uudelleen 1841. Erotettiin Sakkolasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi päätöksillä 1894 ja 1902. Ensimmäinen kirkkoherra astui virkaan 1904. Metsäpirtin kunta perustettiin 1894.
Metsäpirtin kunta luovutettiin kokonaisuudessaan Neuvostoliitolle 19.9.1944 solmitun välirauhansopimuksen mukaan ja kunnan toiminta loppui vuoden 1948 kuluessa Suomen eduskunnan säätämän lain mukaisesti (Suomen asetuskokoelma 486/1948). Metsäpirtin seurakunta lakkautettiin ja kaikkien luovutettujen alueiden seurakuntien toiminta päättyi 31.12.1949. Tämän jälkeen näiden siirtoseurakuntien luterilaiset jäsenet kirjattiin asuinpaikkakuntansa seurakunnan kirkonkirjoihin. Vuoden 1945 maanhankintalain mukaisen sijoitussuunnitelman mukaan Metsäpirtin asukkaat sijoitettiin Kodisjoelle, Mynämäelle, Vehmaalle, Yläneelle, Laitilaan, Karjalaan, Lokalahdelle ja Kalantiin.
Maakirjakylät
Arkuntanhua, Haapasaari, Hatakkala, Joentaka, Korholanjaama, Kosela, Koukunniemi, Lapanainen, Malaki, Martinkorhola, Metsäpirtti, Neusaari (Neusula), Paloniemi, Raaju, Saaroinen, Sunikkala, Taipale, Terenttilä, Vanhajaama, Wiisjoki
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherrat
1904–1910 Kauno Edvard Uino
Ylimääräiset papit
1903–1904 Akseli Kytö, vt. kirkkoherra
Arkisto
Metsäpirtin seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1831, tilikirjat vuodesta 1847 ja historiakirjat vuodesta 1890. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1831–1987. Osan arkistosta sanotaan tuhoutuneen pappilan palossa kirkonkirjojen jäätyä arkistoholviin.
Seurakunnan lakkauttamisen jälkeen sen arkisto siirrettiin evankelis-luterilaisen kirkon keskushallinnon alaiseen Lakkautettujen seurakuntien keskusarkistoon (LSKA), jossa asiakirjoihin tehtiin merkintöjä vuoteen 1990. LSKA liitettiin Mikkelin maakunta-arkistoon 1990.
Kansallisarkisto on digitoinut Metsäpirtin seurakunnan kaikki kirkonkirjat. Yli 100 vuotta vanha aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. 100 vuotta nuoremmat aineistot ovat käytettävissä kaikissa Kansallisarkiston tutkijasaleissa ja niiden käyttäminen edellyttää käyttöluvan hakemista.