Lohtaja on perustettu Kokkolan emäseurakunnan anneksiseurakunnaksi 1467 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1575. Seurakunnan järjestyksessään toinen kirkko rakennettiin 1617 ja se paloi ukkosen aiheuttaman tulen seurauksena 14.7.1643. Seuraava kirkko rakennettiin 1644 ja purettiin 1768. Isonvihan aikana kärsi kirkko suuria vaurioita. Seurakunnassa oli kaksi kappalaista ainakin 1623, joista toinen siirrettiin Ylikannukseen 1692, ja pitäjänapulainen ainakin 1657, joka puolestaan siirrettiin Lestijärvelle 1787. Seurakuntaan kuuluneet Mangin tila rekisterinumerolla 16 ja Keiskin tila rekisterinumerolla 17 liitettiin kuuluvaksi Kälviään keisarin käskykirjeellä 22.11.1897. Lohtajan kunta liitettiin Kokkolan kaupunkiin 2009.
Seurakuntaan kuuluneista Ylikannus eli Kannus perustettiin kappeliksi, muodostettiin kappeliksi 1692 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1859. Toholampi perustettiin rukoushuonekunnaksi 1665, muodostettiin kappeliksi 1775 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1859, johon Lestijärven vanha rukoushuonekunta liitettiin kappelina kuuluvaksi. Himanka perustettiin saarnahuonekunnaksi 1794, muodostettiin kappeliksi 1846 ja erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1898.
Muut nimet
Lochteå
Kylät
Alaviirre, Karhi, Lohtaja, Marinkainen, Väliviirre
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherra sai 8 puntaa kruununjyviä 9.9.1581. Kirkkoherralle maksettavista heinistä tehtiin sopimus 23.8.1752, jonka maaherra vahvisti 15.9.1752, ja asiasta annettiin keisarillisen senaatin päätös 6.2.1862. Papinlahden järven kuivattamisesta keisarillisen senaatin päätös 8.3.1898.
Vuoden 1898 uuden palkkausjärjestyksen ja keisarillisen senaatin päätöksen 8.3.1898 mukaan seurakuntalaiset maksoivat kirkkoherralle virkatalon vahvikkeena 24 330 kiloa heiniä, kunnes olivat parantaneet kirkkoherran heinämaat siihen kuntoon, että niistä saatiin virkatalolle vastaava määrä heiniä.
Kirkkoherrat
1578–1593 Jacobus Erici
1593–1620 Ericus Jacobi
1620–1637 Laurentius Matthiae Lochtovius (Granberg)
1637–1640 Carolus Erici Lochtovius
1640–1647 Gustavus Canuti Witting
1647–1687 Ericus Laurentii Granberg
1687–1710 Gustavus Andreae Cajanus
1711–1716 Kristoffer Granqvist
1720–1722 Gustavus Gustavi Cajanus
1732–1737 Josef Kranck
1724–1730 Johannes Erici Cajanus
1731–1734 Jacobus Johannis Sipelius
1735–1755 Johan Israelinpka Altan
1755–1794 Jakob Abrahaminpka Frosterus
1795–1800 Johan Snellman
1802–1820 Anders Törnudd
1823–1853 Karl Gustaf Elfving
1854–1882 Karl Abraham Keckman
1884–1896 Karl Robert Sandelin
1897–1905 Josef Fredrik Cajan
1906–1949 Herman Vihtori Selin
Kappalaiset, ensimmäinen sarja
ainakin 1593–1609Mauritius Simonis
1610–luvulla Laurentius Matthiae Lochtovius
n.1630–1637 Carolus Erici Lochtovius
1642–1647 Ericus Laurentii Granberg
1648–1667 Laurentius Laurentii Granberg
1668–1686 Johannes Henri Carlander
1688–1693 Gustavus Erici Granberg
1694 Johan Mathiæ Mathesius, siirrettiin Kannukseen
Kappalaiset, toinen sarja
1623–1641 Petrus Johannis Prochaeus
1641–1663 Olaus Benedicti
1663–1668 Isaacus Caroli Lochtovius
1669–1686 Gustavus Andreae Cajanus
1686–1690 Erik Tarvonius
1690–1711 Kristoffer Granqvist
1712–1731 Jakob Sipelius
1737–1782 Henrik Juhonpka Argillander
1782–1811 Abraham Perander
1815–1830 Nils Peter Holmström
1834–1858 Jakob Anders Kranck
1860–1874 Karl August Tallgren
1875–1889 Gustaf Vilhelm Vigelius
1891–1903 Kaarlo Fredrik Rantanen
1903–1906 Rurik Calamnius
1909–1929 Karl Simelius
Pitäjänapulaiset
1657–1663 Isaacus Caroli
1663–1668 Johan Henrici Carlander
1668–1688 Gustavus Erici Granberg
1689–1704 Jonas Gustavi Cajanus
1704–1711 Eerik Wivelius (Wevilius)
1712–1725 Johan Johannis Argillander
1725–1729 Johan Andreæ Cajanus
1729–1732 Josef Kranck
1732–1765 Per Gustavi Cajanus
1765–1785 Gustav Johan Petri Cajanus
1785–1787 Nils Simelius, siirrettiin Lestijärvelle
Ylimääräiset papit
1723–1725 Johan Cajanus, armovuodensaarnaaja
1747– Jakob Flander, kappalaisen apulainen
1751–1757 Gabriel Holmudd, kirkkoherran apulainen
1753–1766 Gustaf Johan Cajanus, papiston apulainen
1764–1767 Jakob Gäddvik, kappalaisen apulainen
–1772 Karl Henrik Ståhle, kappalaisen apulainen
1773–1775 Mikael Forslin, kappalaisen apulainen
1775–1776 Jakob Mannerström, kirkkoherran apulainen
1781–1783 Petter Ticklen, kappalaisen apulainen
1793–1797 Matthias Arvelander, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1800–1803 Henrik Piponius, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1803–1808 Nils Peter Holmström, kirkkoherran apulainen
1807 Olof Niklas Tengman, kirkkoherran apulainen
1807–1810 Abraham Eklind, kappalaisen apulainen
1809–1814 Nils Simelius, kirkkoherran apulainen
1814–1816 Matias Volstedt, kirkkoherran apulainen
1816–1820 Anders Gustaf Törnudd, kirkkoherran apulainen
1820–1823 Jonas Gabriel Taxell, armovuoden saarnaaja
1826–1828 Gustaf Thoren, kirkkoherran apulainen
1830–1834 Kristian Vilhelm Litzell, virka– ja armovuodensaarnaaja, kappalaisen sijainen
1832–1840 Berndt Leonard Frosterus, kirkkoherran apulainen
1835–1842 Peter Henrik Lindegren, kappalaisen sijainen
1840–1842 Karl Henrik Elfving, kirkkoherran apulainen
1842–1846 Frans Peter Kemell, kirkkoherran apulainen
1843–1852 Anders Israel Grottelin, kappalaisen sijainen
1846–1850 Adolf Abraham Nylander, kirkkoherran apulainen
1850–1854 Jakob Cederberg, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1852 Johan Porthen, kappalaisen sijainen
1852–1858 Berndt Ferninand Cajanus, kappalaisen sijainen
1858–1860 Karl Robert Sandelin, kappalaisen sijainen, vt. kappalainen
1872–1876 Josef Fredrik Cajan, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen
1876–1879 Lars Viktor Pajula, kirkkoherran apulainen
1879–1880 Aukusti Pouru, kirkkoherran apulainen
1880–1884 Paul Ferninand Leino, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1890–1891 Adolf Aleksander Halme, vt. kappalainen
1896 Emil Oskar Ojala, välisaarnaaja
Arkisto
Lohtajan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1725, tilikirjat vuodesta 1722ja historiakirjat vuodesta 1718. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1825–1841.
Kansallisarkisto on digitoinut Lohtajan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.