Kaupungin rakentamisesta Kotkan saarella sijainneelle Lambon tilalle annettiin 21.5.1878 ja kaupunki sai privilegionsa 16.7.1879. Ruotsinsalmen linnoitus rakennettiin myöhemmän kaupungin alueelle 1791–1795 ja toinen linnoitus, Kyminlinna, viiden virstan päähän kaupungista 1791. Kotkan merimies- ja sisälähetyksen yhdistys rakensi kaupunkiin saarnakappelin 1884. Kaupungin ensimmäinen varsinainen kivinen kirkko valmistui 1898. Kotkan kaupunki kuului alkuaan Kymin emäseurakuntaan, jonka kirkkoherran apulainen sijotettiin tänne 19.10.1895. Erotettiin Kymistä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 1.4.1892. Päätöksen ehtojen mukaan erottaminen tapahtui sitten, kun Kymin emäseurakunnan kirkollisten palkannauttijain palkansaantioikeus oli lakannut ja kaupungin asukkaat olivat ehtineet hankkia itselleen oman kirkon ja hautausmaan. Kaupungin ensimmäinen varsinainen kivinen kirkko valmistui 1898. Kotkan kaupunkiin liitettiin Haapasaaren kunta 1974 sekä Karhulan ja Kymin kunnat 1977.
Kylät
Huruksela, Kuutsalo, Laajakoski, Peippola, Pernoo, Perävarppi, Pihkoo, Rantahaka, Tavastila
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kirkkoherran palkka oli 7 000 markkaa ja 1 000 markkaa hyyryrahaa keisarillisen senaatin päätöksellä 3.3.1896. Palkka määrättiin koottavaksi siten, että kukin 16 vuotta täyttänyt seurakuntalainen suoritti henkilömaksuna 1 markan 40 penniä ja jäännös koottiin veroäyrien mukaan, jonka ohessa seurakunnan tuli jäsenkulunsa kasvettua 6 000 hengeksi pantava toimeen päätöksensä kappalaisen viran asettamiseksi, jotka virkaa vastaan kirkkoherran palkkaa vähentämättä oli suoritettaa palkkana 4 000 markkaa. Palkkojen ylöskannot suoritti seurakunta.
Kirkkoherrat
1915–1921 Kaarlo Edvard Kilpeläinen
1921–1943 Torsten Mauritz Hohenthal
Kappalaiset, ensimmäinen sarja
1875–1901 Ferdinand Johan Masalin, Kymin kappalainen
1904–1930 Jaakko Ripatti
Kappalaiset, toinen sarja
1916–1920 Olof Johannes Jurva
1921–1930 Väinö Rautiainen
Ylimääräiset papit
1891–1895 Viktor Emanuel Jacobson, Kymin kappalaisen apulainen, merimiespappi
1895–1897 Paavo Vilho Paatero, kirkkoherran apulainen
1896–1903 Kaarlo Edvard Forss, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen
1897–1898 Kaarlo Arvid Vallenius, merimiespappi ja sisälähetyssaarnaaja
1899–1904 August Hjalmar Tranchant, kirkkoherran apulainen, papin apulainen
1902 Juho Viktor Korpi, papin apulainen
1902 Juhana Kustaa Toppola, papin apulainen
1903–1904 Otto Wilhelm Kärkkäinen, vt. kappalainen, kirkkoherran apulainen
Arkisto
Kotkan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1872, tilikirjat vuodesta 1896 ja historiakirjat vuodesta 1877. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1872–1912.
Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut Kotkan seurakunnan kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.