Muodostui itsenäiseksi seurakunnaksi, kun Suomeen sijoitettujen venäläisten joukko-osastojen luterilaisia sotilaita varten asetettiin erityinen saarnaaja Krimin sodan aikana 1854–1856. Saarnaaja oli Venäjän kruunun palkkaama ja saarnaajan virkapaikaksi asetettiin Helsinki, joskin hänet velvoitettiin suorittamaan jumalanpalveluksia eri venäläisissä joukko-osastoissa ympäri Suomea. Seurakunta käytti kirkkonaan Helsingin ruotsalais-suomalaisen seurakunnan Nikolainkirkon eli nykyisen Helsingin tuomiokirkon siipirakennuksen alakerrassa ollutta kirkkosalia. Seurakunta ja saarnaajan virka lakkautettiin Venäjän keisarikunnan sotaministerin käskyllä 21.7.1896.
Muut nimet
Estnisk-lettiska militärförsamlingen
Naapuriseurakunnat
Saarnaajat
1856–1865 Klemens Johan Gabriel Sirelius
1865–1871 Klas Gustaf Beyrath
1871–1877 Klemens Johan Gabriel Sirelius
1877–1883 Kleofas Immanuel Nordlund
1883–1896 Alfons Johans Alexander Lönnroth, virka lakkautettiin
Arkisto
Helsingin virolais-lättiläisen seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1857, tilikirjat vuodesta 1856 ja historiakirjat vuodesta 1856. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Helsingissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1856–1916.