Erotettiin Uudenkirkon emäseurakunnasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi ja omaksi pitäjäkseen 1622, mitä ennen Ruotsin kuningas Kustaa Aadolfin antamalla perustamiskirjalla 19.4.1617 Mäykölän kylän maalle perustetun kaupungin väestö oli kuulunut Uudenkirkon seurakuntaan. Kirkko rakennettiin harmaasta kivestä 1623–1629. Kaupunkiin liitettiin luuluvaksi muutamia tiloja piispa Rothoviuksen päätöksellä 1630. Seurakunta yhdistettiin Uuteenkirkkoon kuninkaan käskykirjeellä 5.2.1808 ja erotettiin Uudestakirkosta jälleen itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarin käskykirjeellä 8.12.1866.
Muut nimet
Kalaisten kaupunki, Nystad, Vasaborg
Naapurikunnat
Papisto
Äänioikeudesta pappeinvaalissa keisarin käskykirjeissä 24.2.1830 ja 7.10.1854. Kirkkoherran äänioikeudesta kappalaisen vaalissa keisarin käskirjeet 8.4.1827 ja 5.5.1863. Papiston palkasta maaherran päätöksessä 2.10.1750 sekä keisarin käskykirjeet 27.5.1859, 9.10.1862, 8.12.1866 ja 24.10.1867.
Kirkkoherrat
1622–1640 Josephus Georgii Lepus Tammelensis
1721–1747 Salomon Tumulin
1748–1756 Johan Höckert
1757–1776 Samuel Mellenius
1777–1789 Efraim Höckert
1791–1807 Jakob Beckman
1808–1815 Johan Ström
1818–1829 Johan Aejmelæus
1835–1853 Erik Johan Cumenius
1856–1883 Vilhelm Heikel
1886–1895 Johan Antero Cederberg
1896–1907 Samuel Vilhelm Roos
1908–1918 Jooseppi Joakim Simelius
1920–1923 Johannes Fr. Kangasvuo
1926–1933 Yrjö Heikki Simelius
Kappalaiset
1722–1731 Gabriel Salonius
1731–1748 Johan Höckert
1748–1757 Samuel Mellenius
1758–1777 Efraim Höckert
1778–1789 Jonatan Sundelin
1790–1813 Jakob Herman Packalén
1816–1824 Johan Palmroos
1827–1832 Berndt Erik Holmberg
1835–1863 Johan Jakob Korsman
1864–1875 Karl August Mellberg
1875–1879 Anshelm Valdemar Vallin
1880–1890 Josef Salem Laurell
1890–1896 Samuel Vilhelm Roos
1898–1906 Karl Edvin Petterson
1907–1911 Fans Hjalmar Prins
1911–1919 Toivo E. Aaltio
1920–1923 Sulo Toivo Fagerholm
1924–1935 Kalle Väinö Peltonen
Ylimääräiset papit
1735– Mikael Lundelin, apulaispappi
1740– Henrik Ludén, kirkkoherran apulainen
1747–1748 Samuel Mellenius, kirkkoherran apulainen
1755–1758 Efraim Höckert, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1771– Sven Mellenius, kirkkoherran apulainen
1781–1787 Erik Nylund, kirkkoherran apulainen
1789– Sigfrid Alm, armovuodensaarnaaja
1789–1790 Jakob Beckman, vt. kirkkoherra
1806–1807 Gustaf Fredrik Fraser, kirkkoherran apulainen, välisaarnaaja
1807 Karl Gustaf Ahlstedt, välisaarnaaja
1808–1812 Jakob Johan Erling, kirkkoherran apulainen
1812–1813 Johan Elgfors, kirkkoherran apulainen
1813–1816 Anders Helenius, armovuodensaarnaaja, vs. kappalainen
1813–1818 Karl Helenius, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1824–1825 Karl Edvard Törnroth, armovuodensaarnaaja
1825–1826 Johan Kristian Lundbäck, vt. kappalainen
1826–1829 Josef Heldan, kirkkoherran apulainen
1830–1835 Benjamin Sulin, sijaiskirkkoherra
1832–1834 August Timoteus Sumelius, armovuodensaarnaaja
1834–1835 Karl Fabian Sahlberg, armovuodensaarnaaja
1835–1836 Johan Ambrosius Hedenberg, kirkkoherran apulainen
1836 Gustaf Molin, kirkkoherran apulainen
1837–1849 August Herman Sevón, kirkkoherran apulainen
1850–1855 Alfred Brynolf Roos, kirkkoherran apulainen, armovuodensaarnaaja
1855–1856 Gustaf Vilhelm Bergroth, välisaarnaaja, koulunopettaja
1863–1864 Johan Anton Immanuel Forss, vt. kappalainen
1876–1886 Gustaf Emil Fager, kirkkoherran apulainen, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra
1896 Heikki Aappo Autero, välisaarnaaja, kirkkoherran virassa
1896–1898 Anton Anshelm Virtanen, välisaarnaaja kappalaisen virassa
1901 Juho Heikki Lindström, vt. kappalainen
1901 Gustaf Calixtus Karlsson, vt. kappalainen
1903 Karl Edvin Petterson, vt. kirkkoherra
1903 August Albinus Westerlund, vt. kirkkoherra
1904 Emil Frithiof Hippolytes Laurila, vt. kappalainen
1904–1905 Kaarlo Edvard Kilpeläinen, vt. kirkkoherra, kirkkoherran apulainen
1906–1907 Kauko Veikko Tamminen, vt. kappalainen, vt. kirkkoherra
1907 Frans Hjalmar Prins, vt. kirkkoherra
Arkisto
Uudenkaupungin seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1737, tilikirjat vuodesta 1649 ja historiakirjat vuodesta 1699. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Turussa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1649–1924.
Kansallisarkisto on digitoinut Uudenkaupungin seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.