Mikkelin kaupunki sai perustuskirjan Maunukselan ja Olkkolan tilojen maalle 7.3.1838. Jo Ruotsin vallan aikana paikalla oli ollut postikonttori ja tulliasema. Mikkelin maa- ja kaupunkiseurakunta toimi jakamattomana aina vuoteen 1908, jolloin seurakunnan erotettiin itsenäisiksi kirkkoherrakunniksi. Päätös seurakuntien erottamisesta oli annettu jo keisarin käskykirjeessä 21.1.1891. Läänihallitus siirrettiin kaupunkiin 1843. Kaupungissa sijainneessa lääninvankilassa oli oma saarnaaja vuodesta 1845. Kaupungin uusi kivinen kirkko vihittiin käyttöön 28.11.1897.
Muut nimet
S:t Michels domkyrkoförsamling, Mikkelin kaupunkiseurakunta, S:t Michels stadsförsamling
Naapuriseurakunnat
Papisto
Mikkelin papiston palkasta kaupungista perustamiskirjassa 7.3.1838 § 19 ja keisarillisen senaatin päätökset 26.6.1847 ja 11.10.1873. Erotetun kaupunkiseurakunta asetettiin kirkkoherran hoidettavaksi, jonka palkaksi määrättiin 4 400 markkaa, hyyryrahaksi 600 markkaa sekä säädetyt lunastustaksat. Palkka ja hyyryrahat suoritettiin sihet, että jokainen 16 vuotta täyttänyt seurakuntalainen maksoi 50 penniä, ja mitä tämän jälkeen tarvittiin, kannettiin veroäyrin mukaan. Kirkkoherran palkka määrättiin maksettavaksi tällä tavalla siihen asti, kun kaupungin väkiluku nousisi 5 000 henkeen, jolloin seurakuntaan oli hankittava toinen pappi.
Kauppias Aatami Pylkkäsen perilliset lahjoittivat 27.11.1897 kaupungin kirkolle 15 000 markan suuruisen rahaston, jonka korot lisättiin pääomaan siihen asti, kunnen kaupunki oli saanut oman kirkkoherran. Tämän jälkeen korot käytettiin kokokaan joko kirkollisverojen lyhentämiseksi tai kirkkoneuvoston määräyksen mukaan. Kun kirkon kuoletuslaina saatiin suoritetuksi, käytettiin 3/4 osaa koroista kirkkoneuvoston määräyksen mukaan ja 1/4 lisättiin pääomaan.
Arkisto
Mikkelin kaupunkiseurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1844 ja historiakirjat vuodesta 1871. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1844–1919.
Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut Mikkelin kaupunkiseurakunnan kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.