Kokkolan emäseurakunnan alueelle perustettiin kaupunki perustamiskirjalla 7.9.1620. Kaupungin anomukseen tulla erotettuksi Kokkolan maaseurakunnasta itsenäiseksi kappeliseurakunnaksi antoi keisarillisen senaatti myöntävän vastauksen 19.8.1896, jolloin ehdoks asetettiin kaupunkin ottaminen ensin osaa Kokkolan kirkkoherran virkatalon kuntoon panemiseen. Erotettiin Kokkolan emäseurakunnasta itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1918 ja ero toteutui 1922, jolloin ensimmäinen kirkkoherra astui virkaansa. Siirrettiin Turun arkkihiippakunnasta kuulumaan perustettuun Porvoon hiippakuntaan uudessa hiippakuntajaossa 14.7.1923.
Muut nimet
Gamla Karleby
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kaupungin osuudesta papinvaaleissa keisarin käskykirjeessä 8.12.1830. Kaupunkia varten asetettin oma kappalainen keisarin käskykirjeellä 2-5-1862. Kaupungin osuudesta papiston palkkaamiseen keisarin päätöksessä 3.9.1874.
Kirkkoherrat
1922 Karl Mikael Mellberg
1924–1928 Anders Sandbacka
Kappalaiset
1863–1868 Jakob Schroderus
1872–1875 Gustaf Gideon Forsman
1876–1885 August Edvard Olivier Lundenius
1886–1898 Ivar Rudolf Forsman
1898–1922 Karl Mikael Mellberg
Ylimääräiset papit
1862 Fredrik Alexander Sterenius, välisaarnaaja
1868–1886 Fredrik Engelbrekt Chydenius, armovuodensaarnaaja, välisaarnaaja
1875–1876 Kristian Sjöblom, vt. kappalainen
1922 J. F. Sandelin, kirkkoherran sijainen
1922–1923 Tor Krook, kirkkoherran sijainen
1925–1928 V. Kyröjärvi, kirkkoherran apulainen
Arkisto
Kokkolan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1724, tilikirjat vuodesta 1655 ja historiakirjat vuodesta 1654. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Vaasassa ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1620–1875.
Kansallisarkisto on digitoinut Kokkolan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Suomen Sukuhistoriallinen yhdistys (SSHY) on digitoinut seurakunnan nuorempia kirkonkirjoja. Alle 125 vuotta vanhojen aineistojen tutkiminen vaatii kirjautumisen yhdistyksen jäsensivuille.