Alkuaan Föglön emäseurakunnan kappelina, jonka kirkkona käytettiin aiemmin Hamnön saarella sijainneen fransiskaaniluostarin kirkkoa ennen kuin uusi kirkko rakennettiin 1646, jota varten rahat saatiin erääsä tammipuulastissa olleesta haaksirikkoon joutuneesta Riian laivasta. Luostari mainitaan 1462–1526 ja sen kirkon korkean tornin mainitaan aikanaan murtaneen kirkon katon kovassa itämyrskyssä. Seurakunnnan olosta kappelina keisarillisen senaatin käskykirje 19.1.1860. Erotettiin Föglöstä itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi keisarillisen senaatin päätöksellä 1905.
Kylät
Finnö, Hellsö, Karlby, Kyrkogårdsö, Österbygge, Överboda
Naapuriseurakunnat
Papisto
Kappalaisen virkatalo sijaitsi vanhan fransiskaaniluostarin maalla. Kappalaisen vaalista Kökarin emäseurakunnan kirkossa keisarillisen senaatin päätös 14.6.1861.
Kirkkoherrat
1908–1909 Arno Sonck, vt. kirkkoherra
1909 Lauri Johannes Laitinen, vt. kirkkoherra
1909–1919 Arnold Werner Lindfors, vt. kirkkoherra
1920–1922 Sigurd Vilhelm Öhrnberg, vt. kirkkoherra
1922–1924 Juho Edvard Törnroos, vt. kirkkoherra
1924–1926 Oskar Uno Gräsbäck, vt. kirkkoherra
1926–1928 Erik Martin Perman, vt. kirkkoherra
1928–1930 Juho Edvard Törnroos, vt. kirkkoherra
Kappalaiset
1578 Eschill
1590–1603 Erich Martini
1616 Sigfirdus Canuti
1625–1629 Clemens Georgii
1630–1640 Ericus Nicolai
1641–1670 Gabriel Olai Hamnodius
1671–1678 Petrus Portulinus
1678–1697 Ericus Portulinus
1698–1739 Ericus Lindqvist
1739–1758 Simon Sachrelius
1755 Anders Fagerlund
1759–1763 Karl Ekroth
1763–1788 Anders Fagerlund
1789–1790 Johan Ledmark
1791–1814 Anders Vengren
1816–1821 Henrik Johan Holmberg
1823–1859 Adolf Magnus Lundenius
Ylimääräiset papit
1755–1763 Anders Fagerlund, kappalaisen apulainen
1788–1791 Anders Wengren, kappalaisen viran armovuodensaarnaaja
1821–1823 Jakob Holm, välisaarnaaja
1846–1847 Johan Porthén, kappalaisen apulainen
1848–1852 Richard Teofil Pontelius, kappalaisen apulainen
1852–1853 Johan August Valdstedt, kappalaisen apulainen
1853–1854 Vilhelm Carlstedt, kappalaisen apulainen
1854–1855 Karl Isak Ridderborg, kappalaisen apulainen
1855–1859 Karl Fabian Springert, kappalaisen apulainen
1859 Anton Grönholm, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen
1860 Anders Alexander Hartzell, välisaarnaaja
1861 Karl Henrik Tervanen, välisaarnaaja
1861–1870 Frans Viktor Grönroos, vt. kappalainen (Sottungan kanssa yhteinen)
1870–1873 Jakob Pohjonen, vt. kappalainen
1873–1875 Frans Oskar Blomqvist, vt. kappalainen
1875–1876 David Sirenius, vt. kappalainen
1876–1882 Vilhelm Adrian Mandellöf, vt. kappalainen
1882–1889 Frans Bernhard Inberg, vt. kappalainen
1889–1890 Erik Gabriel Stenfors, vt. kappalainen
1890–1895 Viktor Reinhold Ingman, vt. kappalainen
1895–1897 Alfred Johannes Bäck, vt. kappalainen
1897–1899 August Tobias Vilenius, vt. kappalainen
1899–1900 Henrik Vilhelm Lindgren, vt. kappalainen
1900 Johan Albert Lundelin, vt. kappalainen
1900–1903 Isak Elenius, vt. kappalainen
1903–1908 Juho Edvard Törnroos, vt. kappalainen, myös Sottungassa vuodesta 1904
Arkisto
Kökarin seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1697, tilikirjat vuodesta 1644 ja historiakirjat vuodesta 1666. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Helsingissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1644–1948.
Kansallisarkisto on digitoinut Kökarin seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1870-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Kökarin ja muiden Ahvenanmaan seurakuntien kirkonkirjat noin vuoteen 1885 on digitoinut ruotsalainen yritys ArkivDigital, joka tuottaa ja tarjoaa asiakkailleen historiallisia aineistoja verkossa.