Mainitaan itsenäisenä kirkkoherrakuntana ja pitäjänä ainakin jo 1356. Jomala mainitaan paikkana jo 1330. Seurakunnan kirkko oli Pyhän Olavin nimikko. Kirkko kärsi myrskyn ja ukkosen aiheuttamista tuhoista, jonka vuoksi vuonna 1747 kirkon korjaamista varten määrättiin kannettavaksi kolehti. Kirkkoa laajennettiin 1827-1828, korjattiin 1840, muutettiin ulkopuolelta 1884 ja suunnitelmat kirkon laajentamiseksi aloitettiin 1898. Seurakunnan alueelle perustettiin Maarianhaminan kaupunki 1861, joka erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1900. Seurakuntaan perustettiin kansanopisto 1895.
Maakirjakylät
Andersböle, Björsby, Bogskär, Buskböle, Dalkarby, Djurvik, Godtby ,Gölby, Hammarudda, Hindersböle, Ingby, Jettböle, Jomala, Karrböle, Killa, Kongsö, Möckelby, Möckelö, Norrsunda, Prestgården, Ringsböle, Sviby, Södersunda, Torp, Ulfsby, Wargsunda, Westnsunda, Westerkalmare, Ytterby, Ytternäs, Ödanböle, Öfverby, Önningeby, Österkalmare
Naapuriseurakunnat
Papisto
Dalkarbyn asukkaat riintaantuivat kirkkoherran kanssa yhden tynnyrinalan maasta. Riidasta tehtiin sopimus 25.9.1661. Sopimuksessa maa tuli kirkkoherran virkatalon osaksi 1748. Kappalaisen virkataloksi annettiin yksi tila Svibystä kuninkaan päätöksellä 1.9.1664. Kappalaisen virkatalo vaihdettiin myöhemmin Jättbölen tilaan. Kappalaisen virkatalo päätettiin myydä ja kappalaisen virka lakkauttaa kirkonkokouksessa tehdyllä päätöksellä 10.4.1892.
Kirkkoherrat
1545–1577 Måns Petri
1563 Petrus Magnii Vertrogathus
1577–1603 Petrus Arvidi
1603–1636 Christophorus Sigfridi Alanus
1636–1653 Christianus Christophori Alanus
1656–1669 Olaus Johannis Beckius
1669–1709 Mathias Bergius
1711–1716 Wilhelm Wargentin
1720–1739 Salomon Alanus
1741–1768 Jonas Martin Friberg
1770–1771 Jakob Zidén
1773–1788 Karl Krogius
1789–1812 Olof Hambræus
1812–1833 Elias Stadius
1835–1863 Jakob Gustaf Chydenius
1865–1878 Viktor Mauritz Roslin
1880–1883 Erland August Karsten
1886–1904 Karl Alfred Ludvig Tallqvist
1905–1918 Herman Henrik Snellman
1918–1926 Gustav Calixtus Bondestam
1926–1935 Erik August Göransson
1937–1953 Gustaf Goerg Malmsten, nimitetty 1935
Kappalaiset
1593 Martinus Simonis
–1636 Christianus Christophori Alanus
1653–1669 Nikolaus Haquini Petraeus
1670–1688 Henricus Petri Hassel(roth) (Humblingus)
1730–1737 Olof Thorin
1738–1779 Jakob Ross
1780–1786 Anders Silvanus
1787–1798 Erik Calander
1800–1809 Mikael Lundén
1810–1846 Gabriel Lagus
1849–1891 Johan Viktor Hummelin
Ylimääräiset papit
1736 Henrik Gelin, kirkkoherran apulainen
1743–1745 Mikael Lebell, vt. kirkkoherra
1748–1752 Mikael Aurelius, kirkkoherran apulainen
1754–1755 Daniel Pentzin, vt. kirkkoherra
1760–1764 Johan Petter Landtman, kirkkoherran apulainen
1769 Israel Wallin, vt. kirkkoherra
1786–1788 Jakob Herman Tallequist, kirkkoherran apulainen
1788–1790 Fredrik Fontell, kirkkoherran apulainen
1789 Matthias Nordquist, vt. kappalainen
1800–1807 Nils Gustaf Bergstenius, kirkkoherran apulainen
1809–1810 Gabriel Lagus, apulainen
1815–1818 Anders Mikael Lundenius, kirkkoherran apulainen
1818–1832 Ulrik Magnus Forsström, kirkkoherran apulainen
1831–1837 Gustaf Henrik Sjödahl, kappalaisen apulainen
1832–1834 Jakob Hällstén, kirkkoherran apulainen, sijaiskirkkoherra
1834–1835 Gustaf Malm, sijaiskirkkoherra
1835 Karl Johan Olin, sijaiskirkkoherra
1837–1838 Henrik Vilhelm Possén, kappalaisen apulainen
1838–1840 Karl Gustaf Mauritz Grönlund, kappalaisen apulainen
1840–1843 Karl August Finelius, papiston apulainen
1845–1846 Abel Viktor Favorin, kappalaisen apulainen, virkavuodensaarnaaja
1846–1849 Knut Emil Sonck, armovuodensaarnaaja
1861–1865 Adolf Fredrik Molin, kirkkoherran apulainen, vt. kirkkoherra
1883–1885 Viktor Emil Ahlstedt, vt. kirkkoherra
1885 David Anton Aimonen, vt. kirkkoherra
1885–1886 Ludvig Joakim Maximilian Lagerbohm, vt. kirkkoherra
1890 Gustaf Gideon Castrén, vt. kirkkoherra
1891–1893 Anders Axel Pettersson, kappalaisen apulainen, vt. kappalainen
1893–1894 Johan Axel Friberg, vt. kappalainen
1897–1899 Gustaf Kalixtus Karlsson, vt. kappalainen
1898–1899 Karl Julius Jonatan Helander, vt. kappalainen
1904–1906 August Albinus Vesterlund, vt. kirkkoherra, vt. kappalainen
1906 Lauri Johannes Laitinen, vt. kirkkoherra, vt. kappalainen
1935–1937 Asser Immanuel Stenbäck, vt. kirkkoherra
Arkisto
Jomalan seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1766, tilikirjat vuodesta 1745 ja historiakirjat vuodesta 1699. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Helsingissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1564–1928.
Kansallisarkisto on digitoinut Jomalan seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat noin 1860-luvulle saakka ja aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. Jomalan ja muiden Ahvenanmaan seurakuntien kirkonkirjat noin vuoteen 1885 on digitoinut ruotsalainen yritys ArkivDigital, joka tuottaa ja tarjoaa asiakkailleen historiallisia aineistoja verkossa.