Viaporin linnoituksen rakentaminen saaristoon Helsingin kaupungin edustalle aloitettiin 1749. Linnoitukseen rakennettiin myös oma kirkko. Alkuaan linnoituksen kuritushuoneen saarnaaja hoiti sielunhoitoa, kunnes kuningas määräsi käskykirjeessä 29.11.1766, että sielunhoito linnoituksessa kuului sotapapin tehtäviin. Ruotsin vallan lopulla linnoitukseen perustettiin garnisooni- eli linnanseurakunta, johon kuuluivat sekä sotilaat että lähisaarten siviilit, ja jolla oli oma saarnaaja.
Suomen sodassa 3.5.1808 linnoitus luovutettiin antautumisen jälkeen venäläisille ja saarnaaja joutui vangiksi, mutta seurakunnan toiminta jatkui saarnaajan apulaisen turvin. Samaan aikaan Viaporin vanha puinen luterilainen kirkko tuhoutui. Venäjän vallan alussa seurakuntaa alettiin kutsua Viaporin suomalais-ruotsalais-saksalaiseksi evankelis-luterilaiseksi seurakunnaksi, sillä siihen kuului siviilien ohessa Venäjän keisarillisen armeijan saksankielisiä sotilaita, ja se sai oman erityisen saarnaajan, jota kutsuttiin Viaporin sotaväkeen kuulumattomien evankelisluterilaisten saarnaajaksi ja Viaporin venäläisen sotaväen ja linnoitusten luterilaisten kirkkoherraksi. Viaporin luterilainen kirkko suljettiin ja seurakunnan papiston asunto otettiin valtion haltuun Venäjän keisarikunnan sotaministeriön käskyllä 21.12.1882. Tämän jälkeen Viaporissa ei ollut seurakunnallista toimintaa vuoteen 1887 ja lopulta seurakunta yhdistettiin Helsingin eteläiseen suomalaiseen seurakuntaan 1905.
Suomen itsenäisyyden jälkeen Viaporin linnoitus nimettiin uudelleen Suomenlinnaksi ja Suomenlinnan korjattu kirkko luovutettiin puolustusministeriön käyttöön maan ainoana sotilaskirkkona. Kirkko siirrettiin takaisin Suomenlinnan luterilaiselle seurakunnalle 1960.
Muut nimet
Suomenlinna, Sveaborg, Sveaborgs garnisonsförsamling, Sveaborgs fästningsförsamling, Viaporin linnoitusseurakunta, Viaporin garnisooniseurakunta
Papisto
Viaporin linnoituksen saarnaajan eli sen luterilaisen sotaväen kirkkoherran palkasta sääti väliaikaisesti keisarilillinen meridepartementti jo 16.1.1809 ja vankihuoneensaarnaajan palkasta määrättiin keisarin käskykirjellä 26.8.1811. Saarnaajan palkasta annettiin armollinen ohjesääntö 19.10.1829, kenraalikuvernöörin kirje 29.1.1835 ja keisarillisen senaatin kirkollisasiain toimituskunnan kirje 25.4.1857. Seurakunnan saarnaajalla oli kaksinkertaiset virkavuodet.
Kirkkoherrat
1925–1951 Paavo Virkkunen
Saarnaajat
1799–1808 Edvard Daniel Hartman
1808–1809 Jakob Johan Björksten
1809–1816 Johan Henrik Gustavson
1863–1883 Henrik August Reinholm
1887–1893 Alfons Johan Alexander Lönnroth
1893–1897 Lars Johannes Molander
1897– Edvard Eliel Lundell
Linnoitusseurakunnan yliopettajat
1783–1803 Lars Johan Stigzelius
1803–1807 Johan Anders Qviding
1807–1809 Jakob Johan Björksten, virka lakkautettiin
Arkisto
Viaporin seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1796, tilikirjat vuodesta 1856 ja historiakirjat vuodesta 1815. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Helsingissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1796–1909.
Seurakunnan vanhimmat kirkonkirjat tuhoutuivat Suomen sodassa antautumisen aikana 3.5.1808, jolloi säilyi vain rippikirja vuosilta 1796–1808. Viaporin luterilainen kirkko ja seurakunnan koko arkisto tuhoutuivat Krimin sodan aikaisen pommituksen aiheuttamassa palossa 9.8.1855. Seurakunnan rippikirjat tämän jälkeen alkavat vuodesta 1866, mutta historiakirjat ovat säilyneet katkonaisesti vuodesta 1815 ja lähes täydellisesti vuodesta 1857.