Alkuaan Koiviston emäseurakuntaan kuulunut itäisen Suomenlahden ulkosaari, joka muodosti rukoushuonekunnan noin 1750. Saaren ensimmäinen kirkkorakennus varmuudella tunnetaan samasta vuodesta alkaen. Saari asetettiin karanteeniin eli ruttosulkuun Välimereltä saapuville laivoille 1763 ja ukaasi karanteenihuoneen rakentamisesta annettiin 1786. Tällöin saarella oli venäläinen, saksalainen ja suomalainen seurakunta.
Toinen kirkko, jota kolmannen kirkon valmistuttua 1879 alettiin kutsua "vanhaksi kirkoksi", rakennettiin 1767 Viipurin hiippakunnassa kerätyillä kolehtivaroilla. Vanha kirkko mainitaan vielä piispantarkastuksessa 15.9.1893. Seiskarin kirkko oli tiettävästi Suomen pienin ja sitä käytettiin myös paarihuoneena "niitä mereen hukkuneita ruumiita varten, jotka myrskyaallot ajelevat saaren rantaan". Muodostettiin saarnahuonekunnaksi keisarin armollisella julistuksella 5.8.1896, jolloin määrättiin asetettavaksi ylimääräiset saarnaajat Seiskariin ja Lavansaarelle. Seiskarin ensimmäinen saarnaaja astu virkaansa 1897. Seiskarin kunta perustettiin 1903.
Seiskarin kunta luovutettiin kokonaisuudessaan Neuvostoliitolle 19.9.1944 solmitun välirauhansopimuksen mukaan ja kunnan toiminta loppui vuoden 1948 kuluessa Suomen eduskunnan säätämän lain mukaisesti (Suomen asetuskokoelma 486/1948). Seiskarin seurakunta lakkautettiin ja kaikkien luovutettujen alueiden seurakuntien toiminta päättyi 31.12.1949. Tämän jälkeen näiden siirtoseurakuntien luterilaiset jäsenet kirjattiin asuinpaikkakuntansa seurakunnan kirkonkirjoihin. Suomenlahden ulkosaarien asukkaat evakuoitiin Viipurin lääninhallituksen määräyksellä 10.10.1939, jonka jälkeen seiskarilaiset sijoitettiin Länsi-Suomeen. Vuoden 1945 maanhankintalain mukaisen sijoitussuunnitelman mukaan Seiskarin asukkaat sijoitettiin Kustaviin ja Lokalahdelle.
Muut nimet
Seitskari, Seitskär, Seiskaarto, Seskär
Papisto
Saarnaajan palkka valtiolta oli 1900-luvun alussa 1 400 markkaa, seurakunnan jokaiselta ripillä käyneeltä henkilöltä 90 penniä, kalaa 700 kiloa hailia, sporttelit papinkirjoista ja aviokuulutuksista 35 markkaa, opettajantoimesta valtiolta 800 markkaa, kunnalta 200 markkaa sekä vapaa asunto, valo ja lämmitys kansakouluhuoneistossa, jossa oli saarnaajalla kolme huonetta ja keittiö. Koulupiirin sisällä oli myös viiden kapanalan perunamaa saarnaajan käytettävänä.
Saarnaajat
1897–1899 Lauri Klemens Sirelius
1899 Pekka Hyttinen
1899–1902 Frans Jalmar Prins
1902–1906 Kustaa Nestori Korpela
1906–1911 Kaarle Juhana Hämäläinen
Ylimääräiset papit
1899 Otto Edvard Lahtinen, vt. saarnaaja
1899–1901 Emanuel Kolkki, vt. saarnaaja, Lavansaaren saarnaaja
Arkisto
Seiskarin seurakunnan rippikirjat alkavat vuodesta 1746, tilikirjat vuodesta 1800 ja historiakirjat vuodesta 1753. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Kansallisarkisto Mikkelissä ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1746–1985.
Osa seurakunnan kirkonarkistosta tuhoutui palossa maaliskuussa 1889 Nikodemus Ämmälän talossa, jossa Koiviston papit asuivat käydessään Seiskarissa, kun saarella ei ollut vielä vakituista omaa saarnaajaa.
Seurakunnan lakkauttamisen jälkeen sen arkisto siirrettiin evankelis-luterilaisen kirkon keskushallinnon alaiseen Lakkautettujen seurakuntien keskusarkistoon (LSKA), jossa asiakirjoihin tehtiin merkintöjä vuoteen 1990. LSKA liitettiin Mikkelin maakunta-arkistoon 1990.
Kansallisarkisto on digitoinut Seiskarin seurakunnan kaikki kirkonkirjat. Yli 100 vuotta vanha aineisto on vapaasti tutkittavissa Astia-palvelussa. 100 vuotta nuoremmat aineistot ovat käytettävissä kaikissa Kansallisarkiston tutkijasaleissa ja niiden käyttäminen edellyttää käyttöluvan hakemista.