Perustettiin Övertorneån eli Ruotsin Ylitornion emäseurakunnan kappeliksi kuninkaan kirjeellä 6.2.1828, jolloin Pajalan asukkaille luvattiin tuolloisen Ylitornion kirkkoherran kuoleman jälkeen erottautua itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi. Kirkkoherra kuoli 1842, mutta erityisten olosuhteiden vuoksi ensimmäinen Pajalan kirkkoherra astui virkaansa vasta 1849. Kappeli historia ulottuu 9.8.1725 saakka, jolloin Ylitornion pohjoisosien asukkaat, jotka asuivat Tornion- ja Muonionjien yhtymäkohdassa, saivat luvan rakentaa kirkon Pajalan kylään ja Fredrikin kappelin nimen saanut kirkko vihittiin 1725. Kirkkoon siirretiin läheisen Könkään ruukin kirkosta muun muassa saarnatuoli ja kellot. Uusi kirkko rakennettiin 100 kyynärän päähän vanhasta kirkosta rakennusmestari Erik Lauton johdolla 1772 ja kirkko vihittiin käyttöön 1787. Seurakuntaan liitettiin Könkään ruukinseurakunta 1783. Kirkko siirretiin kuusi kilometriä itään pän 1861 ja uusi kulmatuetulla tornilla ja harjakatolla varustettu puukirkko valmistui 1869. Seurakuntaan kuulunut Täräntö muodostettiin kappeliksi 1877 ja Junosuando 1903. Ensiksi mainittu erotettiin itsenäiseksi kirkkoherrakunnaksi 1815 ja viimeksi mainittu 1914.
Papisto
Pajala sai oman papin 1757, jolloin tänne asetettiin Ylitornion emäseurakunnan toinen komministeri. Tästä lähtien seurakunnan pienessä kappelissa saarnasi yksi pappi suomenkielisille kappelin asukkaille ja toinen ruotsinkielisille Könkään ruukin asukkaille. Ensimmäinen kirkkoherra astui virkaan 1849.
Kirkkoherrat
1849–1861 Lars Levi Laestadius
1863–1897 Per Lorens Stenborg
1899– Otto William Zeidlitz
Kappalaiset
1892–1895 Otto William Zeidlitz
1895–1899 Andreas Nikolai Juliebø
1900–1902 Karl Vitalis Karnell
1902–1912 Artur Gabriel Ellis
Arkisto
Pajalan seurakunnan rippikirjat (husförhörsböcker) alkavat vuodesta 1731, tilikirjat vuodesta 1764 ja historiakirjat vuodesta 1728. Seurakunnan vanhinta arkistoa säilytetään Ruotsin Härnösandin maakunta-arkistossa (Landsarkivet i Härnösand, Rosenbäcken) ja aineistokokonaisuus kattaa vuodet 1728–1999. Osa seurakunnan 1800-luvun kirkonarkistoa tuhoutui tulipalossa 24.11.1941. Könkään ruukinseurakunnan kirkonarkisto sisältyy Pajalan seurakunnan arkistoon.