Perustettiin keisarillisella käskykirjeellä 6.8.1858. Seurakunnan perustamiseen myötävaikutti baltiansaksalaista alkuperää ollut Suomen kenraalikuvernööri Friedrich Wilhelm von Berg. Seurakunta vapautettiin velvollisuudesta rakentaa kirkkoa Helsingin suomalais-ruotsalaisen seurakunnan kanssa keisarillisella käskykirjeellä syyskuussa 1865. Siirrettiin kuulumaan perustettuun Porvoon hiippakuntaan uudessa hiippakuntajaossa 14.7.1923. Yhdistettiin Turun vuonna 1927 perustetun saksalaisen seurakunnan kanssa Suomen saksalaiseksi evankelis-luterilaiseksi seurakunnaksi (Deutsche Evangelisch-Lutherische Gemeinde in Finnland) 1990.
Seurakunta käytti aluksi kirkkonansa Nikolainkirkon eli Helsingin nykyisen tuomiokirkon itäisessä siipirakennuksessa ollutta kirkkoa, kunnes sen oma kivinen uusgoottilainen kirkko rakennettiin Helsingin kaupungin Kaartinkaupungin kaupunginosaan Unioninkadun varrelle Harald von Bossen ja Carl Johan von Heidekenin suunnitelmien mukaan. Kirkko vihittiin käyttöön 6.11.1864. Kirkon peruskorjauksen yhteydessä siihen rakennettiin arkkitehti Josef Stenbäckin piirtämä torni 1897.
Muut nimet
Deutsche Gemeinde in Helsinki, Helsingfors tyska församling, Tyska församlingen i Helsingfors
Papisto
Seurakunta sai kutsua pastorinsa ilman vaaliehdotusta ja vaalia. Pastorin palkasta annettiin keisarillisen senaatin päätökset 7.10.1859, 2.10.1872 ja 27.2.1874. Kruununpalkkana maksettu 200 markkaa lakkautettiin keisarillisella käskykirjeellä 30.1.1886. Vuonna 1898 kirkkoherran palkka oli 4 000 markkaa, lukuun ottamatta hänen asuntonaan toiminutta kivistä virkataloa, jossa oli seitsemän huonetta ja virkahuone. Palkkaa korotettiin kirkonkokouksen päätöksen mukaan 9.8.1894 joka viides vuosi 500 markalla kunnes se nousi 6 000 markkaan.
Kirkkoherrat
1858–1870 Andreas Theodor Albertus Schröder, ensin vt. kirkkoherra
1870–1873 August Kristian Rudolf Wernicke
1874–1882 Johannes Heinrich Richard Kirstein, ensin vt. kirkkoherra
1883–1894 Gustaf Henrich von Rohden
1896–1909 Johannes Gottfried Glöckner
1910–1930 Friedrich Österhild (Israel)
1931–1943 Fritz Namenhauer
1943– Gert Sentzke
Ylimääräiset papit
1870 Klas Gustaf Beyrath, vt. kirkkoherra
1873–1874 Erik Viktor Petterson, vt. kirkkoherra
1882 Herman Vilhelm Roschier, vt. kirkkoherra
1882–1883 Gustaf Heinrich von Rohden, vt. kirkkoherra
1894–1895 Alfons Johan Alexander Lönnroth, vt. kirkkoherra
1895–1896 Johannes Gottfried Glöckner, vt. kirkkoherra
1903 Karl August Hildén, vt. kirkkoherra
1905 Karl August Hildén, vt. kirkkoherra
Arkisto
Helsingin saksalaisen seurakunnan historiakirjat alkavat vuodesta 1858.