Helsingin ensimmäiset juutalaiset lienevät olleet Venäjän keisarillisessa armeijassa palvelleita juutalaisia 1830-luvulla, jolloin heitä varten perustettiin ensimmäinen synagoga Viaporiin. Suomen kenraalikuvernöörin mukaan Suomessa asui yhdeksän juutalaisperhettä 1831, joista osa Helsingissä. Helsingin juutalainen hautausyhdistys Chewra Kadischa perustettiin 1869 ja Helsingin kaupungin juutalainen yhteisö palkkasi ensimmäisen rabbiininsa 1867. Yhteisön oma synagoga rakennettiin Malminkadulle 1900–1906. Seurakunta oli hakenut kaupungilta tonttia ilman korvausta synagoga- ja koulurakennusta varten 1898. Tätä ennen yhteisö oli toiminut Langenin huvilan tiloissa Siltasaaressa.
Suomen itsenäistymisen jälkeen juutalaiset saivat täydet kansalaisoikeudet eduskunnan säädettyä asiaa koskevan lain 22.12.1917 ja laki astui voimaan 1.1.1918. Helsingin juutalainen seurakunta rekisteröitiin uskonnolliseksi yhdyskunnaksi valtioneuvoston päätöksellä 19.12.1918 (Suomen asetuskokoelma 24/1918) ja 28.9.1946 (Suomen asetuskokoelma 711/1946). Seurakunta ylläpitää kahta juutalaista hautausmaata, joista uudempi perustettiin Helsingin Hietaniemen hautausmaan viereen 1895.
Muut nimet
Judiska församlingen i Helsingfors
Arkisto
Suomessa annettiin erillinen laki mooseksenuskoisista eli juutalaisista 12.1.1918 ja 17.1.1918. Asetuksella määrättiin aluksi, että juutalaiset oli Suomessa kirjattava siviilirekisteriin. Helsingin juutalainen seurakunta oli väestörekisterinpitäjä vuodesta 1919, kunnes tehtävä siirtyi väestörekisterikeskuksen ylläpitämään väestörekisteriin vuonna 1971.
Digi- ja väestötietovirastossa säilytetään seurakunnan pääkirjoja sekä luetteloita syntyneistä, vihityistä ja kuolleista vuosilta 1919–1970. Seurakunnan asiakirjoja ei ole mikrokuvattu tai digitoitu.